В феврале 1879 года в Екатеринодаре закончилась разборка грандиозного Воскресенского собора. Старый храм был построен в 1802 году из сосновых брусьев и уже через 30 лет требовал серьёзного ремонта. В 70-е годы 19 века для его возобновления требовались значительные денежные средства, их изыскать не удалось, и в 1878 году было принято решение о разборке старого храма. Часть сосновых брусьев, балок, железных скреп, оставшихся после разборки собора, была использована для постройки на этом же месте, в центре бывшего плац-парада Крепости, небольшой деревянной Воскресенской же церкви, получившей обиходное название Крепостной. Она простояла недолго, в мае 1887 года состоялось освящение места строительства нового, каменного Воскресенского храма.
Проект каменной церкви предположительно был составлен войсковым архитектором Н.Г. Сеняпкиным, который и занимался её возведением. При выборке грунта для фундамента храма были найдены 6 захоронений, среди которых могилы Кошевого атамана генерал-майора З.А. Чепеги и войскового атамана генерал-майора Т.Т. Котляревского, приведших в конце 18 века черноморских казаков на Кубань, а также полковника А.С. Высочина и войскового протоиерея Р. Порохни. Все они были перезахоронены под трапезною нового храма. 30 июня 1892 года, в день 100-летия жалования императрицей Екатериной II грамоты о даровании черноморцам земли на Кубани, каменный Воскресенский храм был освящён.
Ограда храма Воскресения Христова стала казачьим погостом – местом погребения известных людей города. Впоследствии над могилой одного из них, атамана Ф.Я. Бурсака, была установлена металлическая часовня, построенная по проекту В.А. Филиппова.
В начале февраля 1920 года в храме отпевали известного кавалерийского военачальника генерал-майора К.К. Мамонтова, умершего в Войсковой больнице от тифа. Похороны его прошли совсем незаметно. В сопровождении взвода юнкеров гроб его на линейке по улице Красной был доставлен в Екатерининский (Красный) собор, где был похоронен под ружейные залпы.
9 октября 1924 года президиумом Кубанского окрисполкома было принято постановление о закрытии храма. Летом 1930 года храм был разобран, кирпич продан.
