В течении большей части советского периода на Сахалине отсутствовали православные храмы. Все попытки верующих обустроить приход и создать молебный дом были безуспешны. Лишь в январе 1989 года удалось зарегистрировать религиозную организацию православных христиан. По просьбе верующих епископ Хабаровский Гавриил (Стеблюченко) благословил назвать православную общину в честь святой блаженной Ксении Петербургской. Для создания молебного дома, верующим предложили выкупить шлакоблочный дом в частном секторе города по адресу ул. Трудовая 6 и обустроить в нём церковь. Так в области, впервые за долгое время открылся православный храм. Он был освящён также в честь блаженной Ксении Петербургской. В небольшое приспособленное помещение потянулись тысячи сахалинцев с различных районов области. С открытием храма святой Ксении Петербургской был заложен фундамент для дальнейшего развития православия на Сахалине. Новые приходы стали создаваться очень активно.
Данный храм вполне может считаться памятником и исторической ценностью. Подобных ему домовых приходов на Сахалине с годами становится всё меньше – вместо времянок строятся полноценные храмовые здания.
Сложилось традиция, что на престольный праздник 6 февраля (6 июня по новому стилю) в храме служит правящий архиерей. Епископ Тихон (Доровских) назвал престольный праздник этого храма престольным праздником всей епархии.На входе, в небольшом притворе прихожане не только оставляют верхнюю одежду и сумки, но и переобуваются в домашние тапочки.
К храму приписан храм Анастасии Узорешительницы при исправительной колонии No 1.
