В наши дни Иоанно-Мариинская женская обитель расположена на своем историческом месте и занимает треть территории психиатрической клиники. Воскрешение уничтоженного в советское время монастыря началось в 2004 году, когда на прежнем месте была воссоздана небольшая монашеская община во главе с настоятельницей — монахиней Иоанной (Лихомановой). Первый год существования обители показал ее жизнеспособность: сестрами монастыря была организована воскресная школа для детей, оказывалась помощь филиалу больницы.
Монастырь стал возрождаться буквально из руин, когда 17 февраля 2006 года всего одно из многочисленных зданий, принадлежавших когда-то святой обители, официально было передано из ведомства психиатрической больницы в ведомство Ставропольской епархии. Причем эта небольшая келейная (не храмовая) постройка дала начало новой вехе монастырской жизни на территории Града Креста. К сожалению, четыре из пяти монастырских храмов снесены до основания, а пятый значительно перестроен и до сих пор не передан законному владельцу. Полуразрушенное двухэтажное здание на территории, десятилетиями находившейся в запустении, было постепенно восстановлено по благословению владыки Феофана, а затем его преемника — митрополита Кирилла.
В 2011 году в возрожденном сестринском корпусе обители был открыт храм, где протоиереем Василием Стрюковым регулярно совершаются богослужения и все необходимые требы. Духовная жизнь монастыря, как и в прошлые века, очень богата: матушка настоятельница, монахини, инокини и послушницы с честью несут свой молитвенный и трудовой подвиг, помогают в строительстве нового корпуса, занимаются духовным воспитанием детишек воскресной школы, открытой при обители, занимаются выращиванием коз и птицы, возделывают обширные садово-огородные участки, собирают урожай и делятся им с нуждающимися.
Монастырь всегда открыт для паломников, которых сестры охотно приобщают к молитве и угощают вкусной монастырской трапезой (которую также можно отведать в любой из многочисленных православных праздников). Обитель тесно сотрудничает со Спасо-Преображенским реабилитационным центром: бездомные (алко- и наркозависимые), приходя в монастырь за пропитанием, обретают здесь духовную помощь, узнают о реабилитационном центре, куда направляются с надеждой исцелиться и с Божией помощью вновь стать полноправными членами общества.
