Храм святому Иоанну Кронштадскому был построен чуть более чем за год. Инициатором строительства и главным жертвователем храма стал петербуржец, владелец ОАО «Брянский камвольный комбинат» Евгений Васильевич Томак. Строительство храма было поддержано Брянской епархией, получило благословение епископа Брянского и Севского Феофилакта. Молебен на закладке камня был совершен в августе 2007 года. Храм был освящен владыкой Феофилактом 2 ноября 2008 года, в год 100-летия преставления ко Господу святого Иоанна Кронштадского.
Архитектура храма полностью (за исключением его более высокой колокольни) повторяет каменную церковь Козьмы и Дамиана в селе Барышье, построенную в 1829-1834 годах на средства полковника Михаила Петровича Бахтина, прославившегося своей благотворительностью и даже получившего за это от Николая I генеральский чин и орден Святого Владимира 2-й степени. К сожалению, сегодня храм Козьмы и Дамиана находится в разрушенном состоянии.
Святой Иоанн никогда не бывал в Брянске, ни в одном его жизнеописании этот город не встречается. Однако, посвящение Иоанну Кронштадтскому избрал сам владыка Феофилакт, что указывает – не может быть случайным возведение этого храма без духовного на то основания. Выяснилось, что ещё в 80-е годы XX века, когда вслух говорить об Иоанне Кронштадтском было нельзя, прежний епископ Брянский и Севский Мелхиседек составил акафист святому. Владыка Мелхиседек был глубоким почитателем Иоанна Кронштадтского и читал акафист келейно. Когда в 1990 году Иоанн Кронштадтский был канонизирован, именно этот акафист был благословлён Патриархом Московским и всея Руси Алексием II и с тех пор читается по всей России. Таким образом, Брянск явился родиной акафиста Иоанну Кронштадтскому.
Настоятель Леушинского подворья в Санкт-Петербурге, основатель и директор Мемориального музея-квартиры Иоанна Кронштадтского в Кронштадте протоиерей Геннадий Беловолов привёз в дар храму освящённую в музее-квартире святого икону Иоанна Кронштадтского, которая является точным списком с чудотворного образа из Свято-Иоанновского монастыря на Карповке, где находится его гробница. На иконе закреплён ковчежец с частичкой подлинной епитрахили Иоанна Кронштадтского. Вместе с ней протоиереем Геннадием Беловоловым храму были подарены еще два списка икон: Образ пресвятой Богородицы Леушинской «Азъ есмь съ вами и никтоже на вы» и образ Тихвинской Божьей матери. Эти иконы были самыми почитаемыми у Иоанна Кронштадтского.
