Первое упоминание церкви относится к XVII- первой половине XVIII вв. Это всего лишь запись размера налога, поступившего от церкви «св. пророка Илии да в пределе Василия Кесарийского в Обоянску на посаде в Казачей слободе». Когда было построено и что представляло церковное здание, здесь не сказано. Более подробные данные содержатся в «Топографическом описании Курской губернии» (1784 г.): «во оной слободе церковь деревянная во имя Святого пророка Илии, при которой священно- и церковно-служительских дворов 4, во оных душ 12». Население церковного прихода состояло из однодворцев (118 дворов, 351 душа мужского пола) и украинцев (малороссиян), живущих своими дворами, то есть на положении государственных крестьян (3 двора, 14 душ мужского пола).
В 1841 г. было возведено новое здание храма. В клировой ведомости указано, что это было осуществлено тщанием помещика Козельского уезда Калужской губернии Николая Алексеевича Домбровского с участием прихожан.
Церковь имела в своем владении землю: 54 десятины пахотной, 3 десятины сенокосной, 2 десятины 600 кв. сажней усадебной с погостом. Количество населения слободы росло, и к 1915 г. в слободе Казацкой и входящем в приход Ильинского храма хуторе Нагорном насчитывался 481 дом, из них духовенству принадлежало 3, мещанам 2, крестьянам 476 (с общим количеством прихожан более 3000 человек).
Ближайшим к Ильинскому храму были соборная Свято – Троицкая и Смоленская церкви г. Обояни.
Сильно поврежденный храм стоит и сейчас. Сохранилось его описание, составленное в 1923 г.: здание каменное, крестообразное, размером 36 аршин на 24 аршина, оштукатуренное внутри и снаружи, окрашенное, покрытое железом, с двумя главами и прорезными крестами на них, с 22 окнами. Колокольня 3-ярустная, на ней колокола весом 316 п. 10 ф.; 92 п.; 5 п. и 4 небольших колокола. Вокруг церкви каменная ограда с железными дверьми с западной и южной сторон.
Алтари храма: главный – во имя святого пророка Илии, в южном пределе во имя преподобного Алексия человека Божия, в северном пределе – во имя мученицы Татьяны. Имеется подробное описание внутреннего убранства храма, его 3-ярусного резного иконостаса, увенчанного Святым Крестом. В среднем иконостасе – местные иконы Спасителя и Божией Матери, с правой стороны – храмовая икона св. пророка Илии, с левой – св. Василия Великого в металлических ризах, в рамках под стеклом; во 2-м ярусе – иконы двунадесятых праздников небольшого размера, на круглых досках, с резьбой; в 3-м ярусе – икона Явление Бога Аврааму в виде трех странников. Царские врата – резные с иконой Благовещения Божией Матери и четырех евангелистов, над ними – Святой Дух в сиянии, на правой двери икона Архангела Гавриила, на левой – Архангела Михаила. В 1916 г. в церкви был проведен ремонт.
При церкви действовала церковно – приходская школа, при которой в 1903 г. построен был деревянный дом, крытый железом. В 1915 г. здесь обучалось 76 девочек, в церковной библиотеке имелось 40 книг (кроме богослужебных).
После выхода в свет декрета СНК РСФСР от 23 января 1918 г. Ильинский храм продолжал действовать на основании устава и договора, заключенного религиозной общиной и волисполкомом. Согласно декрету ВЦИК от 23 февраля 1922 г. из храма изъяты ценности – 12 предметов общим весом 8 ф. 84 зол. (священные сосуды, ризы с икон, напрестольный крест).
Как видно из документов Обоянского райисполкома, богослужения в храме прекратились в 1935 г. это было объяснено отсутствием священника. Решение же о закрытии храма было принято президиумом облисполкома 5 августа 1940 г., колхоз имени Горького занял его под зернохранилище.
В 1956 г. когда проводилось обследование церковных зданий, расположенных вдоль магистрали Москва-Симферополь, эксперты отметили, что кровля у храма отсутствует, купол и колокольня сохранились, но без крестов, наружная штукатурка и карнизы обвалились, окна и двери заложены кирпичом. В 1940 – 1980 г.г Ильинская церковь не действовала.
Согласно Федеральному закону от 26 сентября 1991 г. «О свободе совести и о религиозных объединениях» зарегистрирована религиозная организация приход Ильинского храма РПЦ (Московский патриархат), свидетельство о регистрации № 269р от 10 ноября 2000 г. В связи с тем, что пригородная слобода Казацкая решением президиума Курского облисполкома от 8 августа 1959 г. включена в состав города Обояни, современный адрес Ильинского храма бывшей сл. Казацкой – г. Обоянь ул. Московская. Храм являлся приписным к Свято – Троицкому храму г.Обояни (до апреля 2018 г.) ныне храм приписной к Смоленской церкви г. Обояни
Документы церкви в госархиве Курской области: клировая ведомость за 1915 г.; метрические книги за 1802, 1862, 1868-1905, 1911-1918 г.г. Постановление губернатора Курской области №566 от 30 октября 1998 г.
Ильинская церковь поставлена под охрану как памятник культовой архитектуры регионального значения. В 2015 г. прошением жителей и благословением Митрополита Курского и Рыльского Германа начато восстановление изувеченной за безбожные годы Ильинской церкви.
