Место для возведения этого храма было выбрано неслучайно. Ранее здесь находилась часовня в честь Благоверного князя Александра Невского. Она была разрушена в 1930-х годах во время разгула воинствующего атеизма.
По благословению Епископа Брянского и Севского Феофилакта строительство храма началось в 2009 году. Сооружение самого здания велось в несколько этапов, и уже на начальном этапе к попечению о строительстве храма подключились два православных человека, носящих имя своего небесного покровителя Святого Александра Невского – это Александр Андреевич Бондаренко и Александр Александрович Сиваков. Они полностью взяли на себя попечение о восстановлении Святыни и доказали это делами.
Летом 2009 года, в день празднования 160-летия храма во имя Святых Первоверховных Апостолов Петра и Павла, в г. Клинцы был торжественно освящен новый фундамент храма Александра Невского. Чин освящения основания храма совершил Епископ Брянский и Севский Феофилакт, а через год 25 сентября 2010 года было совершено освящение храма. На Богослужении присутствовали священники Клинцовского благочиния, представители городской администрации, ктитор (благотворитель) храма Александр Андреевич Бондаренко, прихожане и паломники.