В 2005 году в Выгоничах заложили фундамент под строительство новой кирпичной церкви. Место для нее — на центральной улице Ленина, напротив здания районной администрации — было совместно определено руководством района и правящим архиереем. Активное строительство нового храма началось с 2009 года. Его главный престол также будет освящен во имя Николая Чудотворца, а в прежнем здании планируется организовать представительство благочиния.
Новое здание церкви возводится в стиле эклектики. К односветному пятиглавому кубу основной части примыкают полукруглая апсида и одноэтажная трапезная с квадратной в плане трехъярусной колокольней. Оригинальное завершение основного объема состоит из восьмискатной крыши ломаного профиля, которую венчает центральная луковичная глава на трехъярусной пирамиде из «глухих» и световых четырех- и восьмигранников, а малые главы поставлены над углами четверика в углублениях профиля кровли. Небогатый внешний декор ограничен щипцовыми фронтонами, угловыми лопатками и поясом в верхних частях четверика и ярусов колокольни. Весной 2013 года на позолоченные купола храма были воздвигнуты кресты.
