Посёлок Ильский ведёт свою родословную с 1863 г., когда была основана станица Ильская, входившая в состав Абинского полка, где первым благочинным был Ефим Петрович Тимофеевский. В том же году на площади станицы была построена и часовня. Уже через год на её месте вырос молитвенный дом во имя Святителя Николая, который представлял собой деревянное здание. Церковному причту отвели землю в количестве 150 десятин, церковной земли было 50 десятин.
Через десять лет, в 1873 г., построили церковь Святителя Николая. На её строительство войско выделило 10000 рублей, а прихожане собрали 6000 рублей. Церковь была хоть и деревянная, но на каменном фундаменте, в форме базилики, двухкупольная, с шатровой колокольней, однопрестольная. Алтарь расписывали монахи-иконописцы из Палеха и Троицкой Лавры. В 1896 г. Свято-Никольская церковь была расширена за счет общественных и церковных средств. В состав причта (увеличенного в 1893 г.) входили два священника, диакон и два псаломщика. Имена священников, по сохранившимся документам, восстановлены в следующем порядке: 1867 г. — Георгий Семеновский, 1869 г. — Стефан Ключевский, 1887 г. — Федор Карпинский, 1890 г. — Лев Дмитриевич Чаленко, 1910 г. — Дмитрий Иванович Михайлов.
С приходом советской власти жизнь в станице полностью изменилась. Новая власть, меняя идеологию, устраняла со своего пути всё, что мешало: так началось в 1933 г. разрушение храмов в Северском районе. Первым был уничтожен храм ст. Григорьевской, последними в 1939 г. — церкви Ильской и Северской. Свято-Никольский храм превратили в избу-читальню, потом в дом культуры. Со священниками власть также расправилась. Из справки краевого суда № 08-10 от 25.05.2006 г. явствует, что «Естратов Михаил Тимофеевич, 1879 года рождения, уроженец ст. Новотроицкая Александровского района, Краснодарского края, житель ст. Ильской Северского района Краснодарского края, работал священником в Николаевской церкви. Арестован 30.01.1938 г. Постановлением Тройки УНКВД по КК от 07.02.1938 г. за участие в контрреволюционной церковно-монархической организации осужден с конфискацией лично ему принадлежащего имущества. Расстрелян 08.02.1938 г. Постановлением Президиума Краснодарского краевого суда от 30.12.1956 г. постановление отменено и дело прекращено за отсутствием состава преступления. Естратов Михаил Тимофеевич полностью реабилитирован».
После войны здание храма принадлежало Дому культуры. 12 августа 1990 г. состоялся сход граждан п. Ильского, на котором было решено:
1. «Передать здание городского Дома культуры верующим под церковь не позднее 1 октября 1990 года.
2. Перенести танцплощадку в другое место.
3. Передать церкви часть земли, прилегающей к ней, согласно эскизу.
4. Передать церкви здание сторожки».
За это предложение на сходе проголосовали единогласно.
В августе 1990 г. Северским РИК Совета народных депутатов была зарегистрирована община Русской Православной Церкви в Ильском, в мае 1991 г. выделен земельный участок площадью 6100 кв. м. Главный придел храма освящен в честь — святителя и чудотворца Николая, правый — иконы Казанской Божией Матери.
