В XIII веке Благоверный князь Роман Брянский в знак благодарности за чудесное исцеление от слепоты, полученное им от Свенской иконы Божией Матери, подарил земли, на которых в настоящее время находятся села Елисеевичи, Меркульево, Титовка и Староселье, основанному им Свенскому Успенскому монастырю. На средства монастыря здесь был построен большой деревянный храм во имя Святых мучеников Флора и Лавра, для совершений Богослужений был прислан иеромонах Елисей, от имени которого село и получило свое название. В года правления Екатерины II приход села Елисеевичи стал самостоятельным. Впрочем, по мнению современных исследователей, церковь, существовавшая до построения каменного храма, была не во имя Флора и Лавра, а во имя Николая Чудотворца и не раз перестраивалась. Так, в 1715 году «по челобитию села Елисеевич Никольских попов Стефана с товарищи велено им… в селе Елисеевичах новопостроенную церковь во имя Николая Чудотворца освятить Новопечерского Свенского монастыря наместнику иеромонаху Модесту».
Сведения об иеромонахе Елисее, в честь которого, предположительно, называется село — также вызывают сомнения. Во-первых, иеромонах, являвшийся одновременно приходским священником и управителем монастыряской вотчины — сочетание практически невозможное. Во-вторых, название Елисеевичи указывает на связь селения с потомками какого-то Елисея, а таковых у иеромонаха просто не могло быть. Название, происходящее непосредственно от имени Елисея, звучало бы как Елисеево. Наконец, все содержащиеся в «Историческом описании церквей и монастырей Орловской Епархии» 1905 года сведения основаны на показаниях старожилов, что само по себе не является гарантией достоверности. Тем не менее, возможно, что Елисеевичи и некоторые другие соседние селения могли быть пожалованы Свенскому монастырю еще князем Романом Михайловичем. Не исключено, что и название Елисеевичи могло быть связано с именем первого сельского священника и его потомков, если они продолжали служить в той же церкви и оставили о себе добрую память. Из области гипотез перейдем к документально подтвержденным фактам. Первые достоверные сведения о селе Елисеевичи содержатся в писцовых книгах о вотчинах Свенского монастыря 1595 года. В это время в селе было пять дворов церковнослужителей, две келлии (в них жили четыре «старицы, черноризицы»), четыре келлии, в которых жили нищие, один двор монастырский…
Когда к началу 1840-х гг. прежняя деревянная церковь обветшала, и стал вопрос о ее закрытии, крестьянами села решено было построить новый, каменный храм. Инициатором этого выступил елисеевский крестьянин Василий Агапеев, который и стал строителем нового храма, открывшегося в 1843 году. При храме было построено здание церковно-приходской школы, которая открылась в 1899 году, в 1905 году в ней обучалось 42 ученика. Точных сведений о времени закрытия храма нет. Известно лишь, что в 1930 году был арестован и приговорен к трем годам ссылки священник храма Ипполит Алексеевич Осипов. В настоящее время готовятся документы на возвращение здания храма Брянской Епархии.
