Храм расположен на территории бывшего городского кладбища, которое занимало часть бывшей Ярмарочной площади (ныне территория парка им. А.К. Толстого и стадиона «Динамо»). Построен в 1827 — 31 гг., по заказу местного купца А.А. Бабаева в память пребывания в Брянске императоров Петра I (1709 г.) и Александра I (1823 г.). На Ярмарочной площади Петр I в октябре 1709 года учинил смотр войскам Брянского гарнизона и идущим к фронту войскам. Тогда же здесь биваком стоял Преображенский полк, для которого тут построили часовню. 29 ноября 1791 года Синод вынес указ, в котором запрещал хоронить умерших прихожан у церквей. После выхода указа часть площади была отведена под кладбище, а на месте часовни возвели деревянную кладбищенскую церковь. В 1798 году ее перекрыли и отремонтировали. После пребывания в Брянске императора Александра I брянский купец Афанасий Бабаев, в доме которого самодержец и остановился, на свои средства начал сооружать каменную церковь на месте деревянного храма. После 1840 года по проекту архитектора Богданова западный притвор перестроен в двухэтажную трапезную, соединившую храм с прежде отдельно стоявшей колокольней (не сохранилась). Постановлением президиума Брянского губисполкома № 39 от 28.04.1927г. храм был закрыт с целью использовать его под морг. Последний священник Симеон Васильевич Комягинский был арестован и 3 января 1930 года приговорен к пяти годам ссылки. В 1933-34 гг. было снесено кладбище и на его месте началось строительство городского парка и стадиона. Здание храма использовалось под спортзал. В 1947 году ряд оконных проемов был заложен, а фасады частично приобрели новый декор; в 1955 году архитектором А.Е. Певцовым на куполе вместо главы поставлен бельведер, обрамленный пятиконечными звездами. С начала 1990-х гг. верующие добивались возвращения храма. 19 сентября 2005 года храм был возвращен Брянской Епархии администрацией области. 21 сентября 2005 года Епископ Брянский и Севский Феофилакт в день престольного праздника Рождества Пресвятой Богородицы совершил в храме первую Божественную Литургию, положившую начало возрождения еще одного городского прихода.
