Каменный храм возведен прихожанами в 1685 г. Прежде на этом месте стояла деревянная церковь в честь Рождества Богородицы с приделом Святителя Николая Чудотворца.
В 1649 г. к Богородично-Рождественскому приходу присоединились жители Никитской слободы. Они были переселены в разоренную в Смутное время Калугу по указу Царского дяди Ивана Никитича Романова из торгового с. Спасского (ныне Киевка). По желанию новых прихожан, в память о храме с. Спасского придел святителя Николая был заменен приделом великомученика Никиты, почему и храм именуется Никитским. После пожара 1754 г. храм был отстроен заново в 1755 г. В 1820 г. к нему был пристроен другой придел во имя святителя Иоанна Златоуста.
Храм имел массивный четверик с пучками декоративных полуколонн по углам, с наличниками, широким карнизом и ритмично повторяющимися ложными закомарами. По обеим сторонам алтаря, при боковых входах устроены галереи из колоннад, по десяти колонн в каждой. Колокольня была восьмигранная, четырехъярусная. Никитский храм является памятником архитектуры и градостроительства местного значения (решение Калужского облисполкома № 35 от 4 апреля 1991 г.).
С момента образования самостоятельной Калужской епархии и до завершения строительства Свято-Троицкого кафедрального собора с 1799 г. по 1819 г. в этом храме размещалась кафедра правящих Калужских архиереев. В храме почитались несколько древних икон, в том числе и образ великомученика Никиты (XVII в.).
Храм был закрыт в 20-е гг. XX в. Первоначально он использовался военным ведомством под склад. В марте 1929 г. по предложению фракции ВКП(б) городского совета были снесены верхние ярусы колокольни и центральный купол, а сам храм переоборудован. С 1939 г. в храме размещается кинотеатр «Пионер». В 90-х гг. XX в. наряду с кинотеатром здесь размещались коммерческие структуры.
С 1993 года Епархия неоднократно направляла запросы о возвращении храма для восстановления и возобновления в нем богослужений. И только в октябре 2004 года решением Городской Думы г. Калуги храм был передан Калужской епархии.
В январе 2005 работы по восстановлению храма были поручены диакону Алексею Пелевину.
Восстановительные работы в храме начались в апреле 2005 г. Перед отцом Алексеем стояло много задач. Необходимо было разобрать внутренние перегородки, вывести мусор, произвести внутреннюю отделку помещений, укрепить фундамент, восстановить маковки четверика, установить кресты и купола, построить колокольню, приобрести церковную утварь, облагородить сквер рядом с храмом.
На пасху 2005 года открыта церковная лавка.
28 сентября 2005г. после более чем 80-летнего перерыва, в Никитском храме было совершено первое богослужение (молебен с акафистом), которое совершили архимандрит Никита (Ананьев) и священник Алексей Пелевин.
18 января 2006 г. Была совершена первая Божественная литургия.
На Благовещение 2009 с колокольни Никитского храма прозвучал первый колокольный звон.
При храме имеется просторная православная библиотека, где для полезного чтения могут собираться и взрослые и дети. В ее помещении проводятся конференции, православные беседы и встречи. Библиотечный фонд постоянно пополняется новыми книгами.
Для прихожан храма организована воскресная школа. Занятия рассчитаны как для детей, так и для взрослых. На базе воскресной школы организован духовно-просветительский центр.
