Шеино, как и большинство корочанских сёл и хуторов, возникло одновременно со строительством Белгородской засечной черты – в XVII веке.
В 1800 году в селе построили, освятили и открыли каменную Христо-Рождественскую церковь сразу с тремя престолами. Располагалась она в центре села, во дворе церкви находился фруктовый сад. Рядом с церковью в XIX веке возвели сторожку, в которой работала церковно-приходская школа. В начале XX века в приходе храма числилось более двух с половиной тысяч человек.
В 1930-е годы прослужившую почти полтора столетия церковь закрыли: службы прекратились, здание передали под склад. В 1943 году на территории села шли ожесточенные бои, в ходе которых окончательно погибла и шеинская церковь.
28 января 1999 года в Шеинской средней школе состоялся сход жителей села, где единогласно было решено восстановить православный приход в селе. Под службы оборудовали здание той самой сторожки XIX века, в которой с 1871 года работала церковно-приходская школа.
19 августа 2001 года храм освятил архиепископ Белгородский и Старооскольский Иоанн.
