19 мая 1566 года года началось строительство церкви во имя Печерских чудотворцев Антония и Феодосия. Но через год, когда строительство вчерне уже заканчивалось, обвалился каменный свод. По приказу игумена Сергия завал расчистили и продолжили строительство. Новый храм был бесстолпным, одноглавым, прямоугольным по форме, с одной апсидой, с теплой трапезной, погребами и хлебной в подклети. Вопреки общему правилу, алтарную часть построили не на востоке, а на юге. В архитектуре церкви отразились формы московско-суздальского зодчества. Суровый облик храма смягчался декоративными наличниками окон второго яруса и карнизами. От ветхости храм обвалился в 1677 году. В ходе строительных работ средние пилястры при проделке новых окон были уничтожены. В 1806 году к прежнему входу, слева, сделали пристройку для расширения ризницы. В 1832 году древний вход был заделан окончательно. В 1807 году из бывшей трапезной устроили придел в память явления чудотворной Свенской иконы. Ветхая двускатная крыша в 1860 году была заменена полукруглой.
Храм пострадал при взрыве собора в 1930 году. Восстановлена церковь Антония и Феодосия Печерских к 2012 году.
