Надвратный храм во имя Преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских сооружен у входа в пещеры. Выстроен в 1997-1999 в духе псковско-новгородского зодчества, представляет собой одноглавый одноапсидный четверик с пощипцовым завершением фасадов.
В 1996 г. на территории древнего Холковского монастыря епископом (ныне архиепископ) Белгородским и Старооскольским Иоанном освящены три закладных камня на месте строительства двух храмов и часовни.
Вначале был возведен у входа в пещеры надвратный храм во имя Преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских, затем Владимирская часовня.
В декабре 1999 г. архиепископ Белгородский и Старооскольский Иоанн освятил монастырский храм в честь Донской иконы Божией Матери. На состоявшемся 28 декабря 1999 г. заседании Священного Синода Русской Православной Церкви было благословлено открытие Свято-Троицкого Холковского мужского монастыря.