В 1779 году на территории Покровского кладбища сооружена деревянная церковь по распоряжению генерал-губернатора Лифляндии Ю. Ю. Броуна. Известно, что ещё за два года до этого, в 1777 году существовала небольшая деревянная часовня, находившаяся за Рагульскими воротами на месте старого военного кладбища. Указ Псковской Духовной консистории № 3985 от 6 ноября 1779 года предписывал начало строительства церкви, поименованной в честь Покрова Пресвятой Богородицы. После этого часовня была обращена в церковь. Иконы, алтарь и иконостас церкви были взяты у полевой церкви ушедшего с места дислокации под Ригой Псковского пехотного полка. С 4 декабря 1779 года в храме начали совершаться богослужения (после передачи антиминса Псковской Духовной консисторией Рижскому Духовному правлению).
В 1869 году при Покровском храме открыто Петропавловское братское училище. В декабре 1875 года произошёл пожар, в результате которого деревянное строение Покровской церкви сгорело. Был объявлен конкурс на строительство нового культового сооружения. На денежные пожертвования прихожан был построен храм по проекту Роберта Пфлуга. 9 сентября 1879 года состоялась церемония освещения построенной каменной Покровской церкви Преосвященным Филаретом II.
Перед Первой мировой войной интерьер церкви был разобран и эвакуирован вглубь Российской империи во избежание разграбления предметов религиозного культа. В том числе эвакуации подверглись ризница, колокола и иконостас. В период внутренних противоречий, охвативших губернский край, который постепенно тяготел к обособленности, церковь не функционировала, находилась в заброшенном, неухоженном состоянии. После окончания гражданских неурядиц первое время после начала истории суверенной Латвийской Республики церковь также пребывала в запустении, из которого ей удалось выйти лишь к 1921 году, когда в Латвию прибывает подвижник за православную веру и русскую культуру Иоанн (Поммер).
