Впервые упоминается в 1626 г. в Писцовых книгах Керекрейского В.А.: «…Церковь Покров Пречистые Богородицы, а в церкви образы и свечи и книги и ризы и колокола и всякое церковное строенье…» Последнее упомина¬ние о древней деревянной Покровской цер¬кви в Белгороде относится к 1787 г. В клировой ведомости 1870 г. сообщается: «Покровская церковь каменная с таковою же колокольнею, построена в 1791 году; а приде¬лы оной устроены — с южной стороны во имя святителя Митрофана Воронежского — в 1837 году, а с северной во имя святит. Тихона Задонского — в 1865 году — иждивением прихожан».
Церковь расположена севернее Успенско-Ни¬колаевского собора по ул. Пушкина (ранее ул. Батальонная). В 1837 г. к южному и в 1865 г. к северному фасадам на всю их длину были пристроены новые приделы. В результате этих изменений план приобретает форму квадрата.
Интересное произведение архитектуры конца XVIII в. В объемной композиции церкви выделяются: 2-х светный четверик храма, завершенный кубоватой кры¬шей с главкой на малом четверике, 4-х ярус¬ная колокольня, с убывающими по высоте и ширине ярусами, поставленная на притвор, зак¬рытый со всех сторон поздними пристройка¬ми, и двухсветная 5-ти гранная апсида. Цен¬тры северного и южного приделов выделены треугольными фронтонами и завершены дву¬скатными крышами. В архитектурной плас¬тике фасадов стилистическая направленность резко разграничена: четверик храма и цент¬ральная апсида выполнены в барочных фор¬мах, колокольня типична для раннего класси¬цизма. В северной и южной пристройках пре¬обладают классицистические приемы середины XIX в.
Во второй половине XX в. здание церкви использовалось под механические мастерские. Реставрационные работы начались в 1991 г. и уже в 1993 г. в храм из с. Зимовеньки был переведён центр Марфо-Мариинской обители.
