Казанский монастырь в городе Омске ведет свою историю с начала ХХ века, с момента переезда из Архангельска трех монахинь Сурского Богословского монастыря. По благословению Иоанна Кронштадтского они организовали в Омске религиозно-просветительскую общину. И 10 декабря 1903 года местное казачество выделило для строительства церкви 4 десятины земли на юге городской окраины, недалеко от кладбища.
Первым на отведенном участке был построен двухэтажный корпус с домовой церковью, где помещались сестры и члены общины. Строительство его завершилось в 1905 году. Фундамент будущего каменного Казанского храма на 500 прихожан был заложен в феврале 1911 года. Работы были начаты на пожертвования местных жителей и вдовы петербургского генерала Людмилы Головесовой.
В качестве основы проекта был выбран типовой храм №15 из сборника 1899 года. Но местный архитектор внес некоторые коррективы, например, изменил размер трапезной, сделав ее более вместительной. Апсида, как и оба придела имеют пятигранную форму. Вершиной храма являлся высоко поднятый барабан с прорезными окнами и шлемовидным куполом. Над входом в храм высилась шатровая колокольня.
Декоративные элементы, как и у большинства храмов того времени, были выполнены в неорусском стиле. Над арочными проемами возвышаются традиционные для русского зодчества кокошники, их поддерживают полуколонны. На фасадах декоративные элементы из лекального красного кирпича, нишки и выступающие пояски.
В марте 1912 года община была обращена в женский монастырь в честь Казанской иконы Божией Матери. На тот момент в монастыре проживали 3 монахини и 115 послушниц. Монастырь занимался образовательно-просветительской деятельностью среди местного населения, работала церковно-приходская школа. Монахини оказывали медицинскую помощь жителям близлежащего поселка, выполняли заказы по вышивке для модного дома М.А.Шаниной.
В 1915 году местное управление выделило монастырю еще около 300 десяти земли. Тогда же было закончено строительство храма, который 1 июля 1916 года освятил епископ Сильвестр Омский.
О судьбе храма после революции разные источники дают противоречивые сведения. По одним: в 1918 году на территории монастыря была устроена тюрьма для несогласных с новым режимом, но из других источников следует, что в это время монастырь еще продолжал действовать.
Указ о закрытие монастыря и изъятии ценностей последовал лишь в декабре 1919 года. Все монастырские здания и помещения переходили в собственность детской трудовой коммуны имени Антона Валека. Большинство монахинь было выселено, в небольшом помещении оставили лишь больных и престарелых.
Летом 1921 года при пожаре был полностью уничтожен главный монастырский корпус, коммуну пришлось расселять, и в конце года уцелевший храм был вновь возвращен прихожанам. Долгое время приход Казанской церкви оставался одним из самых многочисленных в городе – 788 человек, большинство из которых принадлежали к тихоновской ориентации православных христиан, вышедших из подчинения Московскому Патриархату.
Возможно, высокая популярность храма в городе была связана с тем, что поблизости располагался курорт с грязелечебницей и многие больные из санатория приходили в церковь. Но, несмотря на такую популярность, 8 марта 1930 года местной властью было принято решение о закрытии церкви. Небольшая часть утвари и имущества было отправлено местный краеведческий музей, большинство предметов было отправлено в ленинградский Госторг, в том числе пять бронзовых колоколов. Здание бывшей Казанской церкви перестроили под совхозный клуб, для чего снесли колокольню и верхнюю часть храма.
Уцелевшие монахини Евдокия, Ирина и Серафима переехали на другую городскую окраину в Игнатовку, где жили общиной, основав местную катакомбную церковь.
Во время войны в уцелевших церковных стенах располагался сборный призывной пункт. После этого здание долго пустовало, пока в 1979 году его не приспособили под овощную базу.
Вспомнили о здании лишь в 1989 году, когда местные власти признали архитектурную и историческую ценность строения и внесли его в реестр охраняемых памятников. А в июле 1990 года здание было возвращено верующим. С тех пор начался ремонт и восстановление храма.
В настоящий момент полностью восстановлены колокольня и купола, завершена внутренняя отделка помещений. В Казанской церкви регулярно проходят богослужения, а рядом установлен памятник монахиням, пострадавшим во время советских репрессий.
