Изначально, еще в 1816 году, на этом месте – на северной окраине города, на городском кладбище (ныне это район Первой городской клинической больницы, Сенного рынка и гостиницы «Интурист»), была построена деревянная церковь во имя святого апостола Фомы.
Возводилась она заботами Войскового Воскресенского собора протоиерея Кирилла Российского на пожертвования казаков, а также на средства «оставленные на таковое здание» войсковым полковником Гуликом.
Рядом с церковью устроили войсковую богадельню для приюта раненных и немощных черноморских казаков и казачек. Здание храма и богадельни со временем обветшало, его хотели подновить, расширить и отремонтировать. Но, в конце концов, по инициативе наказного атамана Черноморского войска генерал-майора Заводовского, войсковое правительство решило построить новое более удобное и красивое здание храма и богадельни.
Проект ансамбля церкви, богадельни и больницы составил в 1833 году военный инженер капитан Петров. В марте 1843 года совершается малое освящение храма. Храм открывается для молящихся, служатся молебны, панихиды, литии. Великое освящение храма состоялось в мае 1844.
Когда в ноябре 1853 года умер наказной атаман Черноморского войска Заводовский, много сделавший для устроения храма и богадельни, его похоронили здесь рядом с супругой. Над их могилами была возведена каменная часовня с золоченным крестом.
Со временем вокруг храма и богадельни стали вырастать здания городской больницы.
В мае 1922 года под предлогом «помощи голодающим Поволжья» из церкви были изъяты вся серебряная церковная утварь, общим весом «1 пуд 30 фунтов 4 золотника». Вскоре после этого городские власти закрывают Скорбященскую церковь. И под ее сводами располагаются складские и хозяйственные службы больницы, лекционный зал медицинского института.
Ровно через 150 лет после освящения храма началась история его возрождения. 17 июля 1994 года был отслужен первый молебен. А 5 декабря 1999 года митрополит Екатеринодарский и Кубанский Исидор совершил Великое освящение храма.
