Церковь была основана в 1892 году португальским католическим священником Жозе де Алмейда Силвой. Он умер в 1918 году, ещё некоторое время часовня была открыта для желающих помолиться, но в 1924 году была закрыта. Новый этап развития церкви связан с прибытием в Сан-Паулу русских эмигрантов. Иконы для иконостаса написал Михаил Лобанов, его же кисти принадлежит образ святителя Николая Чудотворца. Иконы двенадцати праздников — работы художника Николая Мишаткина. Запрестольную икону священник Фёдор Вилькок привез из Китая. Две большие клиросные иконы, изображающие святителя Алексия, митрополита Московского и преподобного Сергия Радонежского выполнил художник Дмитрий Измайлович.
Кстати, с приходом тесным образом был связан Интернат для русских мальчиков св. Владимира в Иту, а настоятель храма (в 1966–2004 годах) иеромонах-иезуит Иоанн Штойссер неоднократно говорил, что завещает приход Московскому Патриархату. Приход организует детские утренники, культурные вечера. При храме действует библиотека классической и детской литературы, организованы курсы португальского языка для начинающих.
