В 2000 году в округе Варавино-Фактория была выделена земля под строительство храма. Вместе с тем православной общине передали деревянное одноэтажное здание, расположенное поблизости от участка. Когда-то это был приходской молитвенный дом, где регулярно совершались богослужения. Первая Литургия состоялась в 2002 году на Рождество Христово. Настоятелем зарождающегося прихода по благословению епископа Архангельского и Холмогорского Тихона был назначен иеромонах Артемиево-Веркольского монастыря Феодосий (Нестеров).
В 2001 году епископ Архангельский и Холмогорский Тихон освятил первый венец и закладной камень храма на берегу Северной Двины в округе Варавино-Фактория г. Архангельска. Тем самым было положено начало строительства храма в честь святого благоверного князя Александра Невского подворья Артемиево-Веркольского монастыря.
В 2004 году, на противоположной стороне дороги от места строительства храма, где до революции возвышалась церковь в честь священномученика Виктора, был установлен поклонный крест. В советское время она использовалась, как дом пионеров, а в 1960-е годы её растащили на кирпичи. 12 ноября 2006 года состоялось освящение и подъём колоколов на звонницу храма. Колокола, отлитые в городе Тутаеве Ярославской области в мастерской Владимира Шувалова по старинной технологии, были приобретены на народные пожертвования.
В феврале 2007 года епископ Архангельский и Холмогорский Тихон совершил великое освящение храма в честь святого благоверного князя Александра Невского.
Деревянная шатровая церковь с колокольней построена в традициях древнерусского деревянного зодчества по проекту архитектора А. Б. Барбанова и представляет собой «восьмерик на четверике», увенчанный шатром. Снаружи храм украшен изящной резьбой по кровле, купол покрыт осиновым лемехом.
Количество прихожан увеличивалось, и храм перестал вмещать всех приходящих на богослужения. При участии архитектора Е. А. Яскорской был разработан проект по увеличению церкви за счёт строительства двух прирубов с северной и южной стороны. Для этого построили два сруба, свайное поле, сделали пропилы в стенах. В результате реконструкции площадь храма увеличилась в два раза.
