Храм в честь святителя Митрофана Воронежского был возведен в 1833 году над южными вратами обители, называемыми Водяными. По обеим сторонам врат еще ранее в 1826 году на вклад Н. М. Нероновой были построены два каменных трехэтажных корпуса для размещения богадельни, заменивших собой монастырскую ограду по южной стороне и соединенных высокими угловыми башнями с восточной и западной стенами обители. В западном корпусе разместилась богадельня на сорок престарелых сестер, а в восточном были устроены келии. Храм святителя Митрофана служил «к утешению болящих», поскольку сестры богаделенного корпуса могли попасть на службу, не выходя на улицу.
В 1918 году произошло варварское разорение Покровского собора, в связи с чем были взломаны Водяные ворота и нанесен ущерб домовому храму. С 1921 по 1928 год в богаделенных корпусах позволено было жить сестрам обители, выселенным из других зданий, поэтому надвратная церковь действовала до самого изгнания насельниц. Когда в 1929 году в келейные корпуса поселили рабочих фабрики Угланова, храм святителя Митрофана был разграблен, обезглавлен и превратился в переход между западным и восточным крыльями здания. Долгое время эти корпуса занимались городской гостиницей «Русь», которая прекратила свое существование в 1994 году, и здания были переданы Хотькову монастырю.
В настоящее время храм отреставрирован, в 2011 году был установлен купол. 30 октября 2012 года наместник Свято-Троицкой Сергиевой Лавры Архиепископ Сергиево-Посадский Феогност совершил Чин Великого освящения храма. Богослужения в нем совершаются в дни празднования памяти святителя Митрофана, на которых обычно присутствуют только сестры обители, поскольку храм и теперь действует как домовый.
http://khotkovmonastery.ru/monastery/temples