Надвратная церковь во имя Святого Духа построена в 1865 г. на месте разобранной надвратной церкви апостола Иакова.
С 1997 г. началось возрождение духовной жизни в селе. Сначала было образовано подворье Антониево-Сийского монастыря, а затем в 1998 г. образован Православный приход с.Холмогоры.
Источник: сайт Архангельской и Холмогорской епархии http://www.arh-eparhia.ru/monasteries_and_parishes/temples/index.php?ELEMENT_ID=30095
Храм Святого Духа в Холмогорах получил шанс на реставрацию. Об этом заявил благочинный округа протоиерей Евгений Смалько. «В 2010 г. в Холмогорах министерство культуры РФ выявило новый памятник федерального значения — надвратный храм в честь Святого Духа с колокольней. Он входил в комплекс Свято-Успенского монастыря, который учредил архиепископ Афанасий (Любимов), — рассказал священник. — До настоящего времени церковь была под охраной государства, но в реестр памятников ее не вносили, так как отсутствовала историческая экспертиза. При этом храм как выявленный объект культурного наследия нельзя было реставрировать собственными силами».
При поддержке Минкульта в сентябре 2017 г. были завершены историческая экспертиза и геодезические работы на территории храма Святого Духа. «В результате обозначена охраняемая территория вокруг памятника. Мы надеемся, что до конца 2017 г. церковь и колокольню включат в реестр. И тогда появится возможность попасть в федеральную целевую программу «Культура России». Это единственный способ восстановить памятник, который мы постепенно теряем», — подчеркнул отец Евгений.
Церковь Святого Духа устроена в 1887 г. во втором ярусе колокольни монастыря. Колокольня была построена в 1865-1868 г.г. игуменьей Ангелиной рядом с местом разобранной в середине XVIII в. надвратной церкви Иакова, брата Господня, при архиерейском дворе. Закрыта в 1920-х г.г.
Пресс-служба Архангельской епархии, http://www.arh-eparhia.ru/news/188/68968/
