Православные греки, переехали в Судан в начале XX века и в 1910 году устроили свой первый православный храм в Хартуме. Собор Зачатия Анны был построен в 1922 году на средства одного из представителей греческой диаспоры Gerassimosa (Gerry) Kontomichalosa. После введения шариатского закона в Судане в 1983 году разразилась затяжная гражданская война, большинство европейцев покинули страну и паства почти исчезла.
Рядом с храмом сосредоточены не только верующие, но вся немногочисленная греческая диаспора Судана. Недалеко расположено и посольство Греции.
