Построена в период с 1844 г.-1850 год. Архитектором был приглашен Михаил Дормидонтович Быковский. К церкви примыкает больничный корпус.
Закрыта в 1925 году. В 1930 году перестроена. Открыта в 2001 году после длительной реставрации.
В 1846 году при игумении Аполлинарии (Шуваловой) белица Варвара Михайловна Головина, урожденная Львова, обратилась к митрополиту Московскому Филарету (Дроздову) с просьбой «дозволить соорудить собственным иждивением церковь внутри монастыря и при ней жилой корпус для размещения бедных и немощных стариц из сестер монастыря», изъявив готовность обеспечить «содержание церкви и призреваемых вкладов». Проект богадельни был заказан известному архитектору М.Д. Быковскому .
В 1849 году начались строительные работы. Новый архитектурный комплекс состоял из двухъярусного однопрестольного одноглавого храма, соединявшимся переходом – трапезной с двухэтажной богадельней. Храм был выполнен из полнотелого кирпича, нижний этаж богадельни, где располагались кельи стариц и «службы» был каменным, а верх, где располагались ризница и покои госпожи Головиной – деревянный. Известно, что В.М. Головина, будучи искусной в живописи, сама участвовала в росписи храма.
В 1850 году, 24 октября, храм был освящен святителем Филаретом, митрополитом Московским в честь праздника Сошествия Святого Духа на апостолов.
В 1887 году при игумении Валентине принимается решение о реконструкции и расширении храмового комплекса. К южному фасаду храма было пристроено «каменное одноэтажное здание для устройства в нем келий» для сестер, ухаживающих за насельницами богадельни.
В 1902-1909 г-х были возведены пристройки для расположения сиротского приюта и церковно-приходской школы для девочек. В 1910 году приют был переведен в бывший трапезный корпус, а школа стала двухклассной.
В 1910 году по заказу игумении Марии были выполнены работы по реставрации, укреплению и обновлению внутренней росписи стен и иконостаса Духо-Сошественской церкви.
В 1918 году, в связи с революционными изменениями в Российском государстве монастырь как религиозная структура был закрыт, его церкви были объявлены приходскими и переданы общинам.
В 1926 году были закрыты все церкви Зачатьевского женского монастыря и весь комплекс окончательно перешел в ведении Наркомпроса.
В 1933 году с храма Сошествия Святого Духа был снят купол и проведена капитальная перестройка. Келья Головиной и богадельня были превращены в конторское учреждение.
В советский период здание храма использовалось различными учреждениями. В южной пристройке размещались мастерские художников–скульпторов – Ф.М. Согояна. и В.Ф. Согояна. Изнутри здание обшито новыми облицовочными материалами, планировка была искажена междуэтажными перекрытиями, выгородками по приспособлению, вырыты подвалы . Фирмой ООО «Стройтехинвест», многолетним арендатором, был устроен подземный переход, соединявший храм со старым трапезным корпусом. Среди арендаторов числились также финская строительная фирма и совместное советско-американское предприятие. (по данным осмотра 1993 г.)
В 1991 году при храме пророка Божия Илии в Обыденском пер. образуется Сестринство во имя иконы Божией Матери «Милостивая», своей целью поставившее возрождение древнейшей святыни столицы – Зачатьевского монастыря. В 1991-92 году выходят официальные постановления о безвозмездной передаче строений Зачатьевского монастыря Сестринству с распоряжением соответствующим структурам о содействии в выводе арендаторов. Следуют годы переписки, обращений в различные инстанции, встреч с различными официальными лицами. В это время сестры могли лишь на несколько минут зайти в храм, пропеть тропарь, кондак и величание празднику.
В 1999 году были получены ключи от пристройки к храму Сошествия Святого Духа.
В 2000 году был освобожден сам храм. Начались восстановительные работы. В это время было явлено первое чудо: обнаружен сохранившийся фрагмент запрестольного изображения – лик распятого Спасителя.
В реставрации храма принимали участие следующие организации: ЗАО «Элгад спецстрой”, г.д. Кирносов И.В.; ЗАО «Клен АС», г.д. ОнацикА.Ф.,; ООО «Рес Дан», г.д. Данилин А.В.. Архитектурные работы были выполнены архитектором Могиновым Б.Г. В финансировании работ помощь оказывали государственные структуры, в т.ч. ГУОП г. Москвы, префектура ЦАО и частные благотворители.
В 2001 году было совершено первое богослужение – всенощное бдение под Духов день – престольный праздник храма.
В 2002 году к северному фасаду пристроена звонница как временное приспособительное сооружение. Возникло решение об устройстве в подвале Свято-Духовской церкви малого «пещерного» храма в честь Успения Пресвятой Богородицы, были начаты восстановительные работы.
В 2003 году было завершено воссоздание купола над основным храмовым объемом и торжественно водружен крест. В южном объеме, бывших сестринских кельях, начаты работы по устройству придела в честь священномученика Владимира (Амбарцумова), новомученика, расстрелянного на Бутовском полигоне в 1937 г.
В 2004 году по благословению Святейшего Патриарха Алексия II были начаты работы по росписи храма. Роспись храма осуществлялась силами небольшой бригады иконописцев под руководством Марии Цех. В этом же году, под праздник Успения Божией Матери было совершено малое освящение нижнего храма. 24 ноября 2004 года в канун праздника Милостивой иконы Божией Матери, было совершено малое освящение храма Сошествия Святого Духа. С того времени в храме начинают совершаться регулярные богослужения.
Каменный иконостас выполнен в греческой традиции: равноконечный византийский крест, растительно-животный орнамент, каменные фигуры голубей, служащих кронштейнами для лампад, страусиные яйца в подвесках к лампадам. Роспись храма также соответствует стилю храмов в Греции и на Святой Земле. Все эти характерные черты, а также центральный хорос в греческом вкусе были выбраны в память о связи главной монастырской святыни – «Милостивой» иконы Божией Матери с древним образом Милостивой-Киккской иконы Пресвятой Богородицы, находящимся с XI века на о. Кипр в Киккском монастыре.
В 2005 году, 2 ноября было совершено малое освящение южного придела в честь священномученика Владимира, пресвитера Московского.
В настоящее время в храме Сошествия Святого Духа совершаются богослужения в воскресные и праздничные дни. В храме находится распятие с сохранившимся с дореволюционных времен ликом Спасителя и с частицей животворящего древа Креста Господня. В храме находится собрание частиц мощей Оптинских старцев и Киево-Печерских преподобных.
zachatevmon.ru
В январе 2020 г. завершилась реставрация куполов и крестов церкви Сошествия Святого Духа с больничным корпусом. Это объект культурного наследия федерального значения, который относится к ансамблю Зачатьевского монастыря.
«Завершился еще один важный этап реставрации уникальной церкви Сошествия Святого Духа, на этот раз работы коснулись куполов и крестов. Реставрация заняла порядка месяца. Специалисты работали на высоте 11,5 и 18,5 метра. Они бережно расчищали металлические поверхности куполов и крестов, устраняли все дефекты, готовили элементы к золочению и покрывали их сусальным золотом. Все работы прошли под контролем Мосгорнаследия», — сообщил руководитель столичного Департамента культурного наследия Алексей Емельянов.
Зачатьевский монастырь основан святителем Алексием, митрополитом Московским, в XIV веке. В 1547 году обитель полностью сгорела. В 1584 году попечением царя Феодора Иоанновича восстановлена. К началу ХХ века на территории монастыря находилось 11 каменных строений, 18 деревянных келий и четыре церкви. При нем действовали две богадельни, приют для девочек, мастерские и воскресная школа.
Устроительницей храма Сошествия Святого Духа с богадельней явилась игумения Вера (Варвара Михайловна Головина). Церковь построили в 1849–1850 годах в западной части обители. Архитектором проекта был Михаил Быковский. После появилась каменная пристройка, где разместился детский приют и церковно-приходская школа для девочек.
В 1933 году барабан и купол храма разобрали. Исторический облик церкви восстановили только в начале 2000-х годов.
С 2017-го по 2018 год велись работы по реставрации фасадов, кирпичной кладки и штукатурки церкви. Специалисты привели в порядок белокаменный цоколь, окна и двери, кровлю, металлические козырьки и оконные решетки. Кроме того, заменили водосточную систему.
13 января 2020 г. По материалам официального сайта Мэра Москвы и РИА Новости