В 1640 году на берегу Москва-реки, на месте деревянного храма Патриархом Макарием было начато строительство каменного храма во имя Воздвижения Креста Господня. В 1658 году был освящен главный престол.
Архитектурный облик храма менялся с годами. Первоначально церковь состояла из двухсветного четверика храма с полукруглой апсидой и трапезной с одним приделом (иконы Богоматери «Всех Скорбящих Радости». В 1798 г. здание получило новое декоративное оформление, а четверик храма был надстроен крупным восьмигранным световым барабаном (не сохранился). В 1846-52 на средства Г.М. Блохина трапезную расширили вторым приделом Архангела Гавриила и возвели с запада, по оси с храмом, невысокую 2-ярусную колокольню. Формирование композиции сооружения завершилось в 1894-95, когда для приделов по сторонам храма были выстроены новые помещения с полукруглыми в плане апсидами, вынесенными на одну линию с апсидой храма.
После 1917 года храм продолжал свое служение. Был закрыт в 1931 г. В здании помещались жилые квартиры. Позже здесь был швейный цех.
В 1992 г. отслужен первый молебен. А в 1993 г. был освящен престол в честь архангела Гавриила. К концу 2000 года храм вновь принял прежний архитектурный облик.
Святыня — икона Божией Матери «Всех скорбящих Радосте».
В XIX в. церковная территория была обнесена белокаменной оградой с воротами. Имеются сведения о венчании в этой церкви 25 мая 1901 г. А.П. Чехова и О.Л. Книппер. Храм не действовал с 1931 по 1992 гг. По проекту арх. О.Н. Кольбе его восстановили. С 1992 г. в нём проводятся постоянные богослужения. Община храма окормляет Научный центр хирургии РАМН.
МОСКВА ЗЛАТОГЛАВАЯ. Монастыри, храмы, святыни. — Москва, УКИНО, Духовное преображение. 2007, стр. 76-77