Храм представляет собой сложный комплекс сооружений разных лет постройки. Наиболее старая его часть — собственно церковь Антипы, епископа Пергамского. Время его постройки в разных источниках указано по разному: 1530-е годы, 1596, 1617, 1624. Церковь возникла в слободе конюхов, позже сюда же был переведен из Кремля Колымажный двор (находился на месте нынешнего музея им. А.С. Пушкина). Особенностью храма является наличие двух асимметричных апсид (в одной размещен придельный престол Григория Декаполита). Это единственный двухапсидный храм в Москве.
Позже были построены другие части здания: в 1722 пристроен с юга придел Николая Чудотворца (в 1739-1741 перестроен в храм), в 1798 — северный придел Рождества Иоанна Предтечи и, с запада, небольшая трапезная-притвор и колокольня. Эти сооружения отчасти скрыли старую часть храма.
Здание реставрировалось с конца 1960-х годов, при этом старой части храма были возвращены ее древние формы (к концу XIX века они были существенно упрощены: четверик был покрыт четырехскатной крышей, барабан лишен декора и увенчан большой луковичной главой). Первоначально работами руководил известный архитектор-реставратор Л.А. Давид, который предлагал разобрать все постройки XVIII века и оставить только древнее ядро памятника. Против этого выступил Музей изобразительных искусств, который намеревался использовать эти площади под библиотеку. Однако был разобран верх с главой Никольского придела (не восстановлен, есть проект реставрации).
Храм вновь освящен 25 февраля 2005 года, проходят регулярные богослужения. Сайт храма — http://www.hramantipa.ru/.
Построен предположительно в 1530 г. около Государева Колымажного двора, где вначале находились конюшни, а затем царские кареты, возки и колымаги. Некоторые строительные и декоративные приемы в архитектуре церкви сближают ее с постройками итальянских мастеров, работавших в Москве в первой половине XVI в.
Основное здание храма отличается редчайшей особенностью: в нем два алтаря вместо одного. Большой алтарь освящен во имя священномученика Антипы, а малый алтарь, имеющий собственную глухую главку, — во имя св. Григория Декаполита. Апсиды заканчиваются вместо карниза двумя рядами маленьких декоративных кокошников. Внутри главного храма крестчатый свод, без столпов. Световой барабан увенчан шлемовидной главой и украшен легкой аркатурой.
Посвящение придела храма Святому Григорию Декаполиту позволяет связывать сооружение здания с именем ближайшего сподвижника Ивана IV Грозного — Малюты Скуратова. Кроме того, усадьба Скуратовых в XVII в. вплотную примыкала к территории церковного участка, а церковь, видимо, служила их родовой усыпальницей.
Одноглавый, бесстолпный каменный храм с престолом священномученика Антипы, епископа Пергамского, позднее стал главным ядром ныне существующего комплексного здания. В 1722 г. к храму с юга пристроили придел святителя Николая Чудотворца (перестроен в храм в стиле барокко в 1739-1741 гг. князем С. А. Голицыным). В 1773 г. возвели северный придел великомученицы Екатерины. В 1798 г. были возведены двухъярусная колокольня с находящимся в ней северным приделом Рождества Иоанна Предтечи в строгих классических формах, а также небольшая трапезная-притвор. Храм обновлялся в начале XIX в. и в 1901 году.
Закрыт в 1929. Использовался под жилье, затем как подсобное помещение ГМИИ, который продолжает сохранять аренду. В 1950-х разрушены купола и глава придела святителя Николая Чудотворца. Внутри придела и на сводах трапезной сохранились фрагменты первоначальной росписи с растительным орнаментом, на сводах и нишах Предтеченского придела — стенопись середины XIX в.
Община храма существует с 1991.
