Постановление о создании историко-краеведческого музея в Полярном было подписано 30 октября 1997 года. Днём рождения музея считается 24 июня 1999 года, когда были открыты первые экспозиции. Открытие музея было приурочено к празднованию 100-летия с момента основания города Полярного.
Расположен музей на улице Моисеева, в построенном в 1930-е годы для нужд Северной военной флотилии трёхэтажном каменном доме, одном из первых капитальных домов города.
Своими основными целями музей называет:
«…сохранение и изучение богатого историко-культурного наследия города, его архитектурных памятников и городских достопримечательностей, ведение научно-исследовательской и педагогической работы, изучение и сохранение природной среды и экологии города и края».
Главной выставкой историко-краеведческого музея и его основной направленностью в целом является история Полярного и история флота — в городе расположена военно-морская база Северного флота. Историческая выставка находится на втором этаже здания, занимая три зала, общая площадь которых равняется 400 м², и подразделена на пять экспозиций:
— Флора и фауна края;
— Археология;
— «Рожденный средь сопок и скал, он частью России стал»;
— История военно-морской базы города и Вторая мировая война;
— Современный Полярный.
Летом 2000 года в музее была открыта новая экспозиция — расположенная под открытым небом выставка военной техники.
Как и в большинстве других музеев, в историко-краеведческом музее Полярного отдельное место отведено под временные выставки. Временные экспозиции проводятся как из запасов собственного фонда, так и из музеев других городов. Профиль таких выставок достаточно широк — это и художественные выставки, и работы фотографов, ремесленников, выставки, проводимые предприятиями, например, экспозиция продукции городского хлебзавода, выставки пожарной и милицейской техники и т. п. Проводятся и международные и коммерческие проекты.
На 2003 год под постоянные экспозиции в музее было отведено 351 м², под временные — 273,6 м², фондохранилище занимало 48,5 м² и ещё 29,5 гектар парковой площади. В фондах музея находится более 12 000 единиц хранения — предметы быта местных жителей — поморов и саамов, материалы, посвящённые истории освоения Кольского севера и многое другое. Находящийся под открытым небом отдел военной техники представлен 35 единицами, такими, как танк Т-34, истребитель МиГ-31 и плавающий танк ПТ-76.
После того, как в 2001 году в окрестностях Полярного начались археологические работы, в музей стали поступать различные археологические находки, например, объекты ритуального захоронения первобытных людей северо-западной Европы.
Кроме того, при историко-краеведческом музее Полярного функционируют: лекторий, кинозал, публичная библиотека, школа юных экологов и клуб коллекционеров. Проводятся курсы экскурсоводов, литературные вечера и научные конференции, различные специальные программы — занятия с детьми в рамках программы «Музейная педагогика», тематические программы «Я на Севере служу» и «Мой город и люди, которые в нём живут».
Занимается музей и научно-исследовательской и научно-просветительской деятельностью, сотрудничая с научными и культурными учреждениями как Мурманской области, так и России и стран бывшего Советского Союза. Устанавливаются контакты с музеями других государств, при поддержке ЮНЕСКО проводится популяризация программы ООН — «Устойчивое развитие береговых областей и островных государств».
