Монастырь был построен на берегу реки Волги в начале XIII века на месте деревянной часовни, в которой была Феодоровская икона Божией Матери, он носил название Богородице-Феодоровский монастырь. Существует легенда, что монастырь и город в 1152 году основал Юрий Долгорукий. В 1238 году произошло нашествие войск Батыя, и город был уничтожен, монастырь сгорел. Современные историки указывают, что до сих пор не подтверждено существование монастыря в XII веке, указывая, что для такого предположения нет прямых доказательств, «Повесть о житии Александра Невского» указывает, что князь был пострижен в схиму, но не указывает монастырь. «Сказание о явлении и чудесах Феодоровской иконы Богоматери в Костроме» XVII века указывает, что образ был перенесён из Городца в Кострому, но также не указывает на существование монастыря, из которого отправилась икона.
Археологические раскопки на предполагаемом месте нахождения монастыря не выявили культурного слоя XII—XIV веков. Но вместе с тем нет исследований, опровергающих такое утверждение. Так или иначе то место, где находилась икона, подверглось полному разграблению, уничтожению и сожжению. Современники событий считали, что икона также была утрачена, но по прошествии нескольких лет была обретена повторно. Это обретение является предметом легенд, и нет единого мнения по поводу того, как этого произошло. Икона в монастырь уже не вернулась, но сюда был помещён чудотворный список, который был главной святыней Феодоровской церкви.
Между 1263 и 1282 годами Городец стал столицей Городецкого княжества, и монастырь стал главным столичным монастырём. Позже некоторое время в монастыре жил будущий святой Павел Обнорский, это произошло между 1354 и 1410 годами. Монастырь просуществовал в этом пустынном месте до XV века или до XVII века когда в XVI — начале XVII века место было снова заселено, а монастырь был упразднён.
Монастырь был учреждён снова грамотой от 20 марта 1700 года по благословению патриарха Московского Адриана. Инициатором события стали церковные старосты И. Юдин и С. Осокин. К тому времени река Волга поменяла своё русло и монастырь стал находиться в поле сравнительно далеко от берега. В том же 1700 году в монастыре был построен деревянный храм в честь Феодоровской иконы Божией Матери, в котором был устроен придел во имя святого князя Александра Невского. На протяжении XVIII века монастырь неоднократно менял свой статус. В 1764 году было принято решение об упразднении монастыря, но местные жители Городца предложили мирской приговор, который поддержал своим ходатайством епископ Нижегородский Феофан Чарнуцкий. В результате монастырь был отнесён к заштатным, но вскоре, в июне 1870 года Святейший Синод возвёл монастырь во 2-классный общежительный, его настоятель получил сан архимандрита. В середине XIX века монастырь находился на том месте, которое занимает сейчас и территория монастыря вошла в черту Городца. Дальнейшая судьба монастыря незавидная — он был закрыт в 1927 году и его помещения занимали почта, школа, колония правонарушителей и больница. Большинство строений монастыря было разрушено, но сохранились здания, в которых были расположены кельи монастыря и Церковь во имя святителя Пантелеимона.
В монастыре находится чтимый список Феодоровской иконы Божией Матери, одной из наиболее почитаемых богородичных икон в России. 29 августа 2008 года возобновлена традиция проведения в Городце крестного хода существовавшая до 1917 года. 29 января 2009 года благочинный Городецкого и Борского округов иерей Алексей Парфёнов освятил 12 колоколов. Полный комплект для звонницы был передан в декабре 2008 года генеральным управляющим Уральской горно-металлургической компании Андреем Козицыным. Колокола были изготовлены на заводах металлургической компании «Холдинг». Общий вес колоколов 2,2 тонны. В качестве материала использован сплав меди, олова и серебра. Схема размещения на оптимизирована под одного звонаря. К 4 февраля на новую колокольню были подняты восемь освящённых колоколов. 27 мая 2009 года Священный Синод благословил открытие в Городце мужского монастыря в честь Феодоровской иконы Божией Матери. Наместником монастыря назначен игумен Августин. 3 июля состоялось первое заседание попечительского совета. 9 июля архиепископ Нижегородский и Арзамасский Георгий отслужил молебен святому благоверному князю Александру Невскому в нижнем приделе строящегося Феодоровского собора. 17 июля наместник монастыря игумен Августин совершил чин благословения и освящения крестов для куполов Феодоровского собора. 20 июля планировалось установить освященные кресты на купола, а 22 июля — поднять купола на храм. В августе была завершена работа по изготовлению и установке четырёхъярусного фаянсового иконостаса для Феодоровского собора. Иконы были написаны сёстрами Тихвинского монастыря Екатеринбурга. Фаянсовый иконостас Феодоровского собора стал третьим в храмах Нижегородской епархии.
