В 1869 году начальник Русской духовной миссии в Иерусалиме архимандрит Антонин (Капустин) принял решение выкупить участок с двумя домами и плантацией оливковых деревьев в 7 км к юго-западу от Старого города Иерусалима близ селения Эйн-Карем, которое традиционно считается местом рождения Иоанна Предтечи и Встречи Девы Марии с праведной Елизаветой (Лк. 1:39-56). Владелец участка бывший драгоман французского консульства в Иерусалиме Ханна Джельяд запросил за него 4000 наполеондоров. Для сбора этой суммы в России был создан специальный комитет.
Сразу после закупки участка в 1871 году на нём поселились отдельные монахини и паломники. Первая монастырская церковь была освящена 14 февраля 1883 года в честь Казанской иконы Божией Матери. Сегодня это основной храм обители, в нём хранится чудотворная Казанская икона Богородицы. Справа от входа в Казанскую церковь находится перенесённая святыня — камень, на котором, по преданию, проповедовал Иоанн Креститель. Этот камень был доставлен в монастырь из окрестностей Иерусалима, недалеко от так называемой «пустыни» Иоанна Предтечи, рядом с современным посёлком Эвен-Сапир.
Статус монастыря община монахинь получила от Святейшего синода в 1898 году, а в 1903 году в обители открылись иконописная и золотошвейная мастерские, за счёт которых монастырь сам себя кормил.
В 1910 году началось строительство собора, который предполагалось освятить в честь Святой Троицы. Оно прекратилось в связи с началом Первой мировой войны.
К 1914 году в монастыре находились около 200 монахинь, которым по требованию оттоманских властей пришлось покинуть обитель и переехать в Александрию, откуда вернулись в 1918 году в повреждённый монастырь. Однако усилиями сестёр он был восстановлен.
Из-за невозможности связи с Московским патриархатом монастырь, как и вся Русская духовная миссия, с 1920 года перешли в подчинение Русской православной церкви заграницей (РПЦЗ). В 1924 году Горненская община снова получила канонический статус монастыря.
Многие насельницы, пришедшие в обитель в эти годы, были русскими монахинями-эмигрантками, бежавшими в Бессарабию, оттуда в Сербию, а затем во Святую землю. Лишь несколько послушниц были из арабок.
В 1945 году, после визита во Святую землю патриарха Алексия I, среди сестёр монастыря возникло разделение по вопросу юрисдикции, большая часть были сторонницы перехода в юрисдикцию Московской патриархии. Тогда Иерусалимская патриархия предоставила в распоряжение этим сестрам греческий храм в Эйн-Кареме.
Во время операции «Нахшон», когда в июле 1948 года начались бомбёжки Эйн-Карема, сёстры покинули монастырь и бежали в Иорданскую часть Палестины (Eлеонский монастырь).
После образования Государства Израиль в 1948 году, монастырь (как и здания Русской духовной миссии) был передан израильскими властями советскому правительству (Московскому патриархату). Монахини, не пожелавшие перейти в юрисдикцию Московского патриархата, остались в Елеонском монастыре под контролем РПЦЗ. Пять монахинь переехали в Чили, где в 1958 году архиепископом Леонтием (Филипповичем) был основан Успенский монастырь.
С середины 1950-х годов монастырь стал пополняться монахинями, приезжавшими из СССР. Продолжал оставаться одним из действующих монастырей Русской православной церкви (РПЦ) в течение всей последующей истории СССР, являясь единственным женским монастырём Московского патриархата за пределами советских границ.
В 1987 году был освящён пещерный храм в честь святого Иоанна Крестителя.
В 1997 году было возобновлено строительство собора в честь Святой Троицы, завершено в 2007 году к 160-летию обители. 28 октября 2007 года храм был освящён малым чином в честь Всех святых в земле Российской просиявших, а 12 ноября 2012 года патриарх Московский Кирилл совершил великое освящение храма.
