Монастырь получил название по местности, на которой располагался, когда-то она называлась «горой»)э, и соборной церкви Успения Божией Матери.
Монастырь основан в 1590 году старицей Домникией, в годы царствования Фёдора Иоанновича и правления архиепископа Вологодского и Великопермского Ионы Домникия стала первой настоятельницей. Дата основания монастыря устанавливается на основании двух сохранившихся грамот, одна из них — челобитная 1613 года, поданная старицами монастыря архиепископу Сильвестру.
Первым каменным зданием монастыря был одноэтажный больничный корпус, выстроенный во второй половине XVII века. В 1692—1699 годах построена соборная церковь Успения Божией Матери с колокольней и приделом, зимней церковью, преподобного Сергия Радонежского. В 1709—1714 годах построена надвратная церковь Алексия, человека Божия. Каменной оградой с четырьмя башенками по углам монастырь обнесён со всех сторон в конце 1790-х годов.
В 1792 году в монастыре был пожар, уничтоживший все деревянные постройки. Сгорели и многие документы, поэтому сведений об истории монастыря до XIX века сохранилось немного.
В 1824 году монастырь посетил император Александр I. В 1826—1828 годах на его средства был построен двухэтажный настоятельный корпус.
В 1860 году по указу Святейшего Синода к Горнему Успенскому монастырю была приписана Николаевская Озерская, бывшая когда-то монастырской, церковь.
В 1870—1890-х годах строятся здания сиротского приюта и епархиального женского училища. Монастырь до конца XIX века служит местом ссылки для женщин за прелюбодеяние и проституцию. В 1880 году перестраивается колокольня. В 1888 году епископ Феодосий преобразовал приют при монастыре в епархиальное женское училище, которое в 1903 году переехало в новое здание за пределами монастыря. В 1918 году монастырь был закрыт, но часть монахинь оставалась в нём до 1923—1924 годов, пока он не был окончательно отдан под нужды Красной Армии. Успенский собор оставался действующим до 1924 года. После выселения некоторые из монахинь поселились в домах рядом с монастырём. В советский период на территории монастыря располагались пересыльная тюрьма НКВД для политических заключенных и для спецпереселенцев, а также воинская часть. Монастырская ограда была разрушена. В 1995 году началось восстановление Успенского храма, и с 1996 года в нём стали проводиться службы. Игуменский дом и здание приюта используются под магазины и склады.
15 ноября 2014 года, после совершения всенощного бдения в Успенском храме, глава Вологодской митрополии митрополит Вологодский и Кирилловский Игнатий Депутатов осмотрел сохранившийся на территории Успенского прихода настоятельский двухэтажный корпус. В ходе осмотра здания и оценки его сохранности и пригодности для проживания монахинь, он принял решение образовать Горне-Успенский женский монастырь в статусе Архиерейского подворья. За год бывший игуменский корпус был подготовлен для проживания сестер обители и размещения в нем регентского отделения Вологодской духовной семинарии. 24 декабря 2015 года Священный Синод Русской православной церкви постановил открыть монастырь и назначить на должность игумении монахиню Филарету Дорохину. 26 декабря митрополит Игнатий возвёл монахиню Филарету Дорохину в игуменское достоинство с вручением посоха и возложением наперсного креста.
После возрождения монастыря был выполнен капитальный ремонт нескольких помещений келейного корпуса, произведена замена части кровли старинного здания, создано монастырское подсобное хозяйство, развивается иконопись и швейное дело.
