Учебное учреждение располагалось в старом здании, находившемся у северо-западного склона Карантинной горки. И.К. Айвазовский в письме от 11 апреля 1897 года товарищу министра народного просвещения Н.М. Аничкову просил содействия в строительстве нового здания. В письме министру просвещения И.Д. Деянову он предлагал условия займа для финансирования строительства на сумму 126 тысяч рублей с погашением его силами гимназии в течение 16-ти лет. Новое здание было возведено в середине 1890-х годов на ул. Крепостной (ныне бульвар Адмиральский).
Новое двухэтажное здание (из-за понижения рельефа со стороны главного фасада оно имело три этажа) на высоком цоколе резко выделялось среди окружающей застройки. Высокие потолки, просторные помещения, увеличенные окна классов соответствовали принятым санитарным нормам для учебных заведений. Здание было сооружено в стиле неоренессанса, на это указывали пропорции оконных и дверных проёмов, рустованные на всю высоту стены, применение ордера. От парадного входа на первый и второй этажи вела мраморная лестница. До сих пор сохранились железные кольца, поддерживавшие устилавший лестницу ковёр. К зданию примыкал большой двор с ажурной чугунной оградой (образец художественного литья, распространённого в Феодосии с 80-х годов 19-го века).
По воспоминаниям бывшего гимназиста А.В. Ермолинского, в здании гимназии находилась церковь, сооружённая специально для неё. Посещение церкви по воскресным и праздничным дням было обязательным. В неё ходили и гимназистки из казённой женской гимназии в сопровождении классных дам. Церковь целиком обслуживалась гимназистами: они раздували кадило, подавали священнику культовые аксессуары, по очереди читали псалмы, заменяя псаломщика, трезвонили в колокола.
В гимназии была уникальная библиотека. В 1881 году в ней насчитывалось 594 учебника и 2316 книг иного содержания. Книги покупались у купца Маслова, который открыл в 1870 году книжную лавку и библиотеку и не жалел денег на закупку книг (так, в 1881 году он приобрёл их на весьма солидную по тем временам сумму — 327 рублей).
Первым инспектором, а затем и директором гимназии в 1873-1894 годах был кандидат филологии Новороссийского университета, действительный статский советник Василий Ксенофонтович Виноградов (1843-1894) — даровитый педагог, литератор, известный краевед, видный общественный деятель. Виноградов воспитывал учеников, основываясь на принципах гуманности и справедливости. Его коллега Ю. А. Галабутский вспоминал: он «понимал детскую природу и, не унижая её наказаниями, не оскорбляя придирчивостью и не послабляя излишнею снисходительностью, старался вызвать в ней искру Божию, развить всё хорошее и доброе».
Василий Ксенофонтович Виноградов, первый директор гимназии, преподавал русский язык и словестность. Всей душой отдавался любимому предмету, неустанно работал над совершенствованием методов преподавания, следил за новыми публикациями, посвящёнными методике преподавания языка, перевёл на русский язык и издал в приложении к «Педагогическому вестнику» за 1883 год книгу немецкого педагога Дистервега «Наглядное обучение». Находил время писать и публиковать в специальных педагогических изданиях собственные статьи по педагогике.
http://kimmeria.com/kimmeria/feodosiya/history_education_02_1.htm
Церковь Кирилла и Мефодия при мужской гимназии. Устроена в 1903 году.
Источник: Справочная книга для Таврической епархии 1910 года, стр. 524