Пустынь известна с середины XVII в., в 1764 г. она была упразднена, а ее храмы обращены в приходские. Из монастырских построек уцелели две церкви, обладающие выдающими художественными достоинствами: Троицкая соборная церковь сооружена из кирпича в 1696-1698 гг. Композиционные приемы, характерные для середины XVII в., сочетаются здесь с убранством в стиле московского барокко. Двустолпный пятиглавый храм поставлен на высокий подклет и перекрыт системой лотковых сводов. В подклете в свое время помещалась трапезная палата со своей церковью. Собор с трех сторон окружали галереи-гульбища на аркадах, сохранившиеся ныне только с вдоль южного и западного фасадов. Парапет гульбища украшен полихромными изразцами. Облик храма искажен устройством покрытий над гульбищами, скрывших нижний ярус здания. Колокольня пристроена в XIXв. В интерьере сохранилась масляная живопись 1910 г.
Кирпичная церковь Зосимы и Савватия выстроена на рубеже XVII-XVIII вв. в формах московского барокко. Бесстолпный, перекрытый сомкнутым сводом одноглавый храм с равновеликими объемами апсиды и притвора поставлен на открытой террасе над южными воротами монастыря, массив которых служит монументальным стилобатом. Гульбище вокруг церкви огорожено парапетом. Ярусная композиция сооружения симметрична и уравновешена. В декоративном убранстве встречаются элементы ордерных форм. Несмотря на статус памятника архитектуры, церкви сильно пострадали в советское время. В настоящее время переданы верующим и возрождаются.
Подворье Спасо-Преображенского Соловецкого ставропигиального мужского монастыря в селе Фаустово Московской области учреждено в 1995 году Указом Святейшего Патриарха Алексия II. В настоящее время настоятелем подворья является иеромонах Василий (Чавчанидзе). Подворье находится на месте существовавшей до 1764 года Ново-Соловецкой Марчуговской пустыни.
Начало монашеской жизни в Марчугах, по некоторым историческим источникам, относится к концу XV века. Соловецкая пустынь в Марчугах основана в 1654 году указом царя Алексия Михайловича и благословением патриарха Никона. Монастырское предание связывает основание пустыни с избавлением царской семьи от мора, свирепствовавшего в этом году по всей Русской земле. Место, удаленное от Москвы на 60 километров, от Соловков – на 1635, исторически именовалось Замосковским Раменцом и входило в состав дворцовой Гвоздненской волости Московского уезда.
Основателем и ктитором Соловецкой пустыни в Марчугах исторические источники называют протопопа Кремлевского Благовещенского собора Стефана Нифонтова. Устроение обители было возложено на братию Cоловецкого подворья в Москве.
Деревянный храм, стоявший на берегу Москвы-реки, пострадал от половодья в 1655 году. В следующем году обитель была переведена в Фаустово на возвышенное место, именуемое Красный холм. В царствование Феодора Алексеевича пустынь находилась в ведении приказа Большого дворца. Именно в это время, в 1670-1680 годы проводилось строительство каменных храмов.
Соборный храм Ново-Соловецкой Марчуговской пустыни освящен во имя Святой Живоначальной Троицы,
надвратная церковь – в честь преподобных Зосимы и Савватия Соловецких. Обитель была обнесена деревянными стенами с четырьмя башнями.
В 1699 году по указу царя Петра I пустынь с вотчинами и угодьями была приписана к Соловецкому монастырю. При императрице Екатерине II в 1764 году пустынь выведена из подчинения Соловецкому монастырю. Храмы были переданы в ведение Московской епархии.По материалам Официального сайта Спасо-Преображенского Соловецкого ставропигиального мужского монастыря.