Первый деревянный Никольский храм на Каменной горе в скиту Троицкого монастыря был построен в 1657 году. Выстроен был силами монахов на средства елецких купцов и воеводы. Благотворители так же пожертвовали в храм иконы и церковную утварь.
В 1683 году Никольская церковь оказалась во вновь устроенной женской Знаменской отбели. В переписных книгах 1690-х годов в Знаменском монастыре числятся церкви Рождества Богородицы древнего строения и Никольская нового. В 1764 году монастырь был упразднён, но насельницы не покинули монастыря, а в храме Николая Чудотворца продолжались службы. Во время большого пожара 1769 года все монастырские постройки, в том числе Николаевский храм, сгорели. В 1770 году на Каменной горе силами монахинь и благотворителей был построен новый храм, освящённый во имя Иконы Божией Матери «Знамение».
Возрождение церкви св. Николая Чудотворца произошло лишь в 21 веке, после передачи порушенной в годы безбожной власти обители верующим и возрождения монастыря. В 2006 году по проекту елецкого архитектора А.В. Новосельцева в древней части монастыря, там, где до пожара 1769 году стояла Никольская церковь, заложен деревянный храм во имя святителя Николая Чудотворца. Построен за один строительный сезон и освящён Владыкой Никоном 31 декабря 2006 года.
Использован переработанный материал из книги: Клоков А.Ю., Найдёнов А.А., Новосельцев А.В. «Храмы и монастыри Липецкой и Елецкой епархии. Елец». — Липецк, 2006.
