Основано село в 1858г. переселенцами из Забайкалья, и названо в честь супруги генерал-губернатора Восточной Сибири графа Н. Н. Муравьева-Амурского Екатерины Николаевны.
В 1862 г. заложена деревянная церковь во имя великомученицы Екатерины, оконченная в 1865 г. Церковь и часовня уничтожены в годы гонений. На месте храма ныне возвышается поклонный крест. Обширный дом причта сохранился доныне,в нем размещается почта и библиотека.
Приход образован по инициативе жителей села 12 июня и зарегистрирован 29 июня 1994 г. Один раз в месяц приход посещал священник из г. Биробиджана, а потом из с. Ленинское. С марта 2003 г. приход окормляется священниками расположенного рядом Ильинского храма с. Амурзет, — с 24 мая 2004 г. свящ. Валерием Костко.
21 ноября 2003 г. для совершения богослужений в безвозмездное пользование приходу передано отдельно стоящее деревянное здание.
19 октября 2011 г. в селе Екатерино-Никольское состоялось торжественное освящение памятного Креста на том месте, где 120 лет назад молился Наследник Российского престола цесаревич Николай Александрович – святой царь-страстотерпец Николай II. Завершая историческое восточное путешествие цесаревич 19 мая 1891 г.по воле императора Александра III совершил закладку Великой Сибирской железной дороги. Возвращаясь в Санкт-Петербург, цесаревич часть пути проплыл по Амуру. В станице Екатерино-Никольское он сошел на берег, по ступеням каменной лестницы поднялся к храму великомученицы Екатерины, где для него был совершен молебен, а затем общался с жителями станицы.
Бурное атеистическое время не пощадило храм, разрушилась лестница, по которой поднимался цесаревич. По предложению епископа Биробиджанского и Кульдурского Иосифа лестница, ведущая от Амура на вершину холма, где стоял храм, восстановлена в прежнем виде, причем ее старые камни сохранены. На холме установлен монумент — пятиметровый крест из серого гранита на массивном постаменте с памятными надписями. Установка креста — акт восстановления исторической памяти. Невозможно любить свою землю, добросовестно трудиться на ней, беречь ее, отдавать ей свои силы, если не будешь помнить своей истории.
Источник: сайт Биробиджанской епархии http://www.eparh.ru/
