Первоначальный деревянный Свято-Духов храм был построен на средства купца Радкевича в 1670-1675 годах в память виденного им чудотворения Якобштадской иконы Божией Матери. После упразднения монастыря в 1817 году храмы обители стали приходскими. До 1866 года при храмах оставались доживать свой век престарелые иноки монастыря. Чудотворная икона Божией Матери находилась в Свято-Духовской церкви. Массовое движение перехода латышей в Православие в середине 19 века было причиной образования при храме латышского прихода. В течение 1845 – начала 1846 года в Якобштадтате священник Александр Мутовозов миропомазал в православие 381 латыша. К 1853 году Свято-Духовская церковь совсем обветшала и была закрыта. Приход перешел в Покровскую церковь (бывшую униатскую), где присоединился к бывшему там приходу. Храм стоял заброшенным 30 лет. Два события тех времен послужили знамениями, указавшими на необходимость восстановления храма.
В 1878 году в Якобштадте случился страшный пожар у самых стен монастыря. Во время пожара чудотворная Якобштадтская икона была с молебным пением обнесена вокруг ограды, и ветер переменил направление, огонь не коснулся древнего храма. В 1881 году пожар случился на территории бывшего монастыря, сгорел дом настоятеля, был поврежден Никольский храм, а ветхая Свято-Духовская церковь уцелела. Восстановление церкви началось в 1882 году под руководством протоиерея Родиона Пойша. Прибалтийское православное братство Христа Спасителя и Покрова Богородицы объявило сбор средств на строительство храма.
Уже летом 1883 года начались работы, и 1 ноября 1884 года состоялось торжественное освящение нового храма. При устройстве фундаментов были найдены многочисленные захоронения под полом старой церкви и вокруг нее. Церковь была возведена на прежнем месте и точно по образцу старой, повторяя ее формы и габариты: крестообразный в плане деревянный сруб, пять куполов, гульбище. Были установлены новые иконостасы, в которых разместили старые иконы «фряжского» письма, обновленные П.А.Зыковым. Освящение церкви совершил Киевский митрополит Платон с епископами Рижским Донатом и Ковенским Сергием. Строительные работы велись под руководством архитекторов Р.Пфлуга и А.Кизельбаша. Расходы составили 27 тысяч рублей без стоимости леса. Новый храм простоял всего лишь два с половиной месяца. 16 января 1885 года в результате поджога церковь сгорела дотла. Из огня удалось вынести только чудотворную икону Божией Матери и храмовый образ Сошествия Святого Духа на апостолов, их разместили в Никольской церкви. Случившееся потрясло верующих всей Прибалтики.
Рижское Братство сразу же начало сбор средств на восстановление храма теперь уже по всей России. Было задумано повторить формы сгоревшей церкви, но не в дереве, а в камне. В течение полугода собрали более 62 тысяч рублей, и 22 сентября 1885 года епископ Рижский и Митавский Донат заложил храм. В 1886 году Якобштадт и стройку храма посетили Великий князь Владимир Александрович и его супруга Великая княгиня Мария Павловна. К апрелю 1888 года здание в основном было окончено. В начале июня 1888 года были установлены дубовые иконостасы и киоты для храмовой и чудотворной икон, выполненые рижским столяром Бернгардтом. Иконы были заказаны в Ново-Девичьем монастыре Санкт-Петербурга. Роспись на «парусах» и барабане главы выполнил рижский художник П.А.Зыков. Он же в живописной манере написал полотно с копией чудотворной Якобштадтской иконы Божией Матери, изобразив ее вознесенной ангелами над городом и храмами обители. Торжественное освящение каменного храма состоялось 19 июня 1888 года, его совершил епископ Рижский и Митавский Арсений. На освящение съехались православные верующие из Санкт-Петербурга и Москвы, Риги, Таллина, Тарту, Пскова, Нарвы, Витебска, Полоцка, Тихвина – люди разных сословий, среди них 100 почетных гостей. Для Якобштадта эти торжества были незабываемыми по масштабу и молитвенному подъему. Крестным ходом из Покровского храма были перенесены антиминс и св. мощи, из Никольского храма – чудотворная Якобштадтская икона Божией Матери. Правый придел в честь Рождества Пресвятой Богородицы был освящен 24 июня 1890 года, левый придел в честь св. Апостолов Петра и Павла – 20 сентября 1892 года. В Свято-Духовском храме в 1892-1895 годах начинал служение почитаемый рижскими верующими протоиерей Иоанн Журавский. Здесь он был рукоположен во диаконы.
С 1901 года и вплоть до Первой мировой войны чудотворная икона Божией Матери ежегодно отбывала для поклонения в Ригу, Елгаву и в Спасо-Преображенскую пустынь. Весной 1915 года Якобштадтская святыня была эвакуирована в Россию и бесследно пропала в вихре революции и гражданской войны. Во времена Латвийской Республики Свято-Духовская церковь находилась в ведении латышского прихода. В годы Второй мировой войны и после нее богослужения не прерывались. В советское время церковь была сохранена силами прихода. Изображений древней первоначальной церкви у нас нет, но фотоснимки 1884 года дают представление о внешнем облике и интерьере восстановленной деревянной церкви. При сравнении ее с каменным храмом видно, что каменный храм полностью повторяет формы деревянного. Можно предположить, что вторая деревянная церковь была такой же точной копией первого храма, что позволяет представить себе и древний храм. Его формы, решенные в стиле «малороссийского барокко», свидетельствуют в пользу версии об основании монастыря иноками из Белой и Малой Руси.
Свято-Духовская церковь сохранилась до наших дней без перестроек. Ее план решен в виде креста. Над средокрестием возвышается барабан с большой главой. Три «рукава» креста имеют граненую форму, четвертый – прямоугольный (трапезная часть церкви). Все «рукава», в том числе и алтарная граненая апсида, одинаковой высоты, увенчаны невысокими шатрами и главами. Малые приделы по бокам центрального алтаря тоже граненые, но невысокие, как видно, формой повторяют низкие прирубы деревянной церкви. Четыре малых главы – ложные, в интерьер открыт только большой купол. Малые главы расположены по осям север-юг и запад-восток, имеют характерную барочную форму. Храм построен из кирпича, его «полосатые» фасады облицованы желтым кирпичем с глазуроваными вставками и орнаментальными фризами. Окна украшены богатыми по форме бетонными наличниками. Крыльцо храма решено в виде просторного гульбища, перекрытого деревянной стропильной крышей на резных столбах. Интерьер храма украшают дубовые иконостасы, киоты и серебряное паникадило со свечами. Свет мягко струится из купола, а во время литургии через царские врата прорываются мощные пучки солнечных лучей. Над западной частью храма размещены П-образные хоры. Внутреннее пространство храма очень уютное, соразмерное масштабу провинциального города.
Источник информации: Бескровных С. «Екабпилсский Свято-Духов мужской монастырь», Е. 2004.
Роскошный подносной альбом с десятью великолепными фотографиями наружного вида и внутреннего убранства Свято-Духовской церкви в г.Якобштадте Курляндской губ. (ныне г.Екабпилс) находится в Российском Государственном Историческом Архиве(РГИА), ф.835, оп.2, д.322. Все фотографии были сделаны в 1888 г. рижским фотографом Э.Ф. Эггертом. На альбоме тиснение — «Его превосходительсву Михаилу Николаевичу Галкину-Врасскому отъ строителя А. Кизельбаша». Кроме того, развернутая глава о Свято-Духовской церкви, с большим количеством иллюстраций храма, его внутреннего убранства и портретами членов Прибалтийского Православного Братства, была опубликована в книге «Лавры, монастыри и храмы ны Св. Руси. Санктъ-Петербургская епархiя», выпускъ VI, СПб, 1909, сс.53-56.