Астраханское епархиальное женское училище открылось 16 октября 1866 года, при Благовещенском монастыре и было трехклассным. Для Астрахани это было важным событием, поскольку тогда в городе насчитывалось всего три средних учебных заведения. Новое училище являлось средним учебным заведение для дочерей духовенства, однако здесь учились и дочери чиновников, почетных граждан, военных, купцов, мещан и крестьян. Уже через десять лет училище преобразовалось в шестиклассное, а число его учениц возросло до двухсот. По причине роста числа учащихся встал вопрос о постройке специального здания для училища. У епархии средств на это не нашлось, поэтому 40 тысяч рублей было «заимообразно» получено от Священного Синода.
В 1884 году на эти средства началось строительство здания по проекту архитектора Фолърата, на углу улиц Николо-Часовенной, ныне ул. Чалабяна и Новоисадной, ныне ул. Ногина. Училище было построено за два года и представляло собой крупное по тем временам угловое здание с прекрасным храмом в восточной его стороне, вверху, в честь святых Веры, Надежды и Любови с матерью их святой Софией. Все строительство обошлось в 60 с лишним тысяч рублей, «немало из которых было употреблено из личных средств самого Преосвященного». Как сообщалось в «Астраханских епархиальных ведомостях», 18 сентября 1886 года в новом здании была освящена церковь. С постоянным увеличением числа учащихся, новых помещений вскоре также оказалось недостаточно, поэтому в 1895 году преосвященный Митрофан изыскал средства до 30 тысяч рублей для возведения новых построек. Епархиальный архитектор Карягин разработал проект расширения училища вдоль Крестовоздвиженской улицы, ныне ул. Н. Качуевской. В 1904 году Карягин уже проектирует надстрой третьего этажа, по улице Николо-Часовенной и Крестовоздвиженской. В 1908 году его проект был одобрен строительным отделением под руководством архитектора А. Вейзена и осуществлен. В результате здание Астраханского епархиального женского училища приняло современный вид единого трехэтажного корпуса. Существуют сведения, что в основание корпуса строители перенесли вырытый из земли фундамент из дикого камня бывшего монастырского храма.
В 1918 году училище было закрыто, а в здании располагался госпиталь и лазарет, позже открылась школа II ступени. В 1925 году это была уже школа №5 имени Клары Цеткин. В начале Великой Отечественной войны, с 1941 года по 1942 год, здесь размещался полевой эвакуационный госпиталь, а с 1943 года по 1946 год Сталинградское суворовское военное училище. В 1947 году здание снова стало средней школой №5 имени М. Горького. С 2001 года это образовательное учреждение «Лицей №3». В декабре 2012 года администрация города издала постановление о передаче здания училища Русской Православной Церкви до января 2018 года. Архитектура Современный вид здание приняло в 1908 году. Это массивное трехэтажное угловое здание, каждый этаж которого отличается по оформлению окон. В угловой части, где располагался храм, здание было увенчано шестигранным куполом с башенкой и крестом, к сожалению, купол сгорел в 1949 году при пожаре и не восстановлен. По трем сторонам здания имелись выходы на улицу, оформленные навесом с чугунным литьем на столбах, но до сегодняшнего дня сохранился только один из них на ул. Ногина.