История музея начинается с 1963 года, когда при Кировской писательской организации был создан литературный музей на общественных началах. В его становлении приняли участие писатели, книголюбы, краеведы, старожилы города Кирова.
Первая выставка была развёрнута в библиотеке им. А. И. Герцена весной 1967 года. Уже через год музею выделили специальное помещение в доме, где с 1848 года по 1855 год проживал М. Е. Салтыков-Щедрин, отбывая ссылку в Вятке. В настоящее время это памятник истории и культуры федерального значения
25 октября 1968 года состоялось торжественное открытие Кировского литературного музея, основу которого составил мемориальный кабинет писателя. В 1971 году музей был реорганизован в отдел Кировского областного краеведческого музея. В 1980 году, в связи с открытием музея А. С. Грина, литературный музей преобразован в Дом-музей М. Е. Салтыкова-Щедрина. В 1997 году в музее была оформлена новая экспозиция, основу которой составили подлинные предметы ХIХ века из губернского правления, из домов вятских знакомых писателя, редкие издания книг, журналов, газет, фотографии и документы той поры.
Память о писателе продолжает жить в изданиях его произведений, в работах современных художников и фотографов, запечатлевших места, где жил и служил М. Е. Салтыков-Щедрин.
Остались в музее и литературные традиции: здесь отмечаются юбилейные даты писателей-земляков, проводятся встречи с кировскими писателями и поэтами, литературные вечера, открываются выставки, посвящённые важнейшим событиям литературной жизни нашего города. В истории музея выставки: «Народные писатели Латвии в Кировской области», рассказывающая о ссылке в Вятскую губернию Яна Райниса, о жизни и работе латышских писателей в Кировской области во время Великой Отечественной войны; «История книги и письменности на Вятской земле» и т.д. В настоящее время музейная деятельность направлена на привлечение посетителей самых разных возрастов и интересов.
Дом-музей М. Е. Салтыкова-Щедрина, в содружестве с областной научной библиотекой им. А. И. Герцена, является организатором проведения в г. Кирове Салтыковских чтений.
Музей стал одним из культурных мест города, любимым и почитаемым кировчанами и гостями города.