Джон Пол родился в поместье Арбиглэнд недалеко от Киркбина на юге Шотландии. Отец будущего адмирала Русского императорского флота, Джон Пол-старший был садовником на службе у помещика Вильяма Крэйка. Он женился на Джин Дафф, матери Джона Пола, 29 ноября 1733 года в Нью Эбби, Керкуби. Это музей-дом, в котором жил юный Джон Пол Джонс.
