Храм стоит у самой границы города, на левом берегу Даугавы, где в единую градостроительную структуру слились прежние поселения – Юдовка и деревня Малютки. Даугавпилсская Малюткинско-Юдовская староверская община основана в 1860 – 1870-е годы. Первоначально богослужения проводились в деревянном доме, не имевшем внешних культовых признаков. Община придерживалась федосеевского согласия. Кирпичный храм был построен на месте деревянного, его освящение состоялось в 1909 году. Здание пострадало от наводнения в 1922 году, восстанавливалось с большими трудностями до 1942 года. В судьбе храма деятельное участие принимал И.Н.Заволоко.
Интерьер храма традиционен. Перекрытие основного объема выполнено в виде деревянного свода, конструкция которого вписана в объем крыши. Трехярусный иконостас сложился из икон лучших современных иконописцев : Ивана Михайлова (Вильнюс) и его учеников – Георгия Яковлева (Вильнюс) и Николая Портнова (Даугавпилс). Богослужебные книги получены в дар от других общин, в их числе – Минея из Преображенского староверского храма Москвы.
Храм построен из кирпича. Квадратная в плане, высокая колокольня пристроена к основному объему, перекрыта четырехгранным шатром и увенчана главой с крестом. Вторая глава возвышается над восточной частью моленной. Сохранился проект храма, согласно которому было задумано более богатое декоративное убранство пилястр и оконных проемов, чем то, что мы видим сегодня. Над восточной частью здания крыша имела скошенную плоскость. Основной объем, укороченный после наводнения, прежде имел традиционные четыре окна на южном и северном фасадах. Сегодня внешний облик храма напоминает протестантскую церковь, что говорит о процессе взаимодействия культур, в условиях которого строилась моленная.
