Входом в монастырь служат Святые врата, разделяющие два мира, земной и иной, монашеский. Две разновеликие арки ворот служат для обыденного и праздничного входа в монастырь. Над Святыми воротами сооружены две церкви, Богоявления и преподобного Ферапонта. Они уникальны полной сохранностью всех элементов своей архитектуры. Являясь типичным образцом шатровых построек XVII века, выделяются неповторимостью и живописностью увенчанного двумя стройными шатрами объема. Вместе с примыкающей с юга казенной палатой Святые врата с надвратными церквями образуют главный фасад Ферапонтова монастыря.
Во время ссылки в монастыре патриарха Никона в 1666–1676 годах церковь Богоявления с 1668 года была его домовой церковью. Здесь вел службу находившийся вместе с Никоном полуслепой поп Варлаам, так как бывший патриарх был лишен священнического сана. Внутри обе церкви объединены в один небольшой прямоугольный вытянутый по оси север-юг объем, разделенный внутри аркой. Шатры на восьмериках поставлены над серединой здания без всякой связи с системой перекрывающих храм сводов. Их вес передается на стены при помощи остроумно размещенных разгрузочных арочек, прием нигде больше не встречающийся.
