Сооружена в 1785—1796 годах на средства архангельского купца Лобанова. Освящение церкви Захария и Елизаветы состоялось в 1822 году. В 1855—1859 годах церковь была расширена пристройкой галерей с двумя приделами. Здание сильно пострадало в пожаре 1869 года и восстановлено в прежнем виде в 1875 году.
Сохранилась восточная часть нижнего яруса кирпичного здания, прорезанного проемом проездных ворот. Второй ярус здания занимала небольшая двухглавая бесстолпная церковь, типа «малый восьмерик на четверике».
Световой барабан с главкой на восьмигранной шее опирался на сомкнутый, с парусами в углах, свод перекрытия. Фасады четверика завершались трехлопастными полуглавиями, форму которых повторяли ложные фигурные люкарны на диагональных гранях восьмилоткового купола железной кровли. Поверхность уличного фасада здания оживляется декоративными деталями в виде наличников сложных очертаний вокруг окон и фигурных филенок различной формы, украшающих лопатки. Выразителен мотив обрамления арки ворот, состоящий из двух крупных встречных завитков, с узорной фигурой между ними.
Размещается над восточным въездом на территорию комплекса, замыкая перспективы ул. Фефелова. Доступен для обследования лишь частично руинированный нижний ярус, проездная арка и часть восточного фасада с сохранившимся декором – волюты, обрамляющие въездную арку, лопатки с фигурными ширинками, и часть обрамлений окон. На основания анализов фотоматериалов из фондов Енисейского музея выполнены эскизы реконструкции восточного фасада в его первоначальном виде и с закрытыми галереями расширившими церковь в середине XIX века.
В нижних ярусах и симметричных палатках размещались 2 кельи и монастырский архив, правление и библиотека. Входы в эти помещения были организованы из проезда. Для входа в церковь служила лестничная деревянная пристройка с западной стороны. Четверик главного объема был перекрыт высоким восьмилотковым барабаном, прорезанным восьмью узкими окнами. Ребра барабана, как и шейки главок храма и алтаря подчеркивались вертикальными волютами.
По граням свода в XIX веке были врезаны фигурные люкарны. Алтарь – трехгранный, восточная грань являлась продолжением плоскости фасадов нижнего объема. Перекрытия палаток были балочные. Фундамент бутовый. Кирпичные стены не штукатурились снаружи, а белились по тонкой обмазке.
