Черниговский коллегиум с церквями в честь Иоанна Богослова и Всех Святых — первое учебное заведение в Малороссии полного среднего и, впоследствии, высшего духовного образования, учреждённое на левом берегу Днепра. Коллегиум в Чернигове учредил на основе славяно-латинской и славяно-математических начальных школ Новгорода-Северского архиепископ Черниговский и Новгород-Северский Иоанн Максимович Васильковский на средства гетманской канцелярии Ивана Мазепы в соответствии с указом царя Петра I об «учинении коллегиумов» с целью просвящения. Коллегиум был возведён на остатках вала древнего Детинца и состоит из нескольких зданий различного времени, выстроенных по оси восток-запад, которые включали двухэтажную трапезную с церковью и колокольню с крыльцом. Длина здания с пристроенными сенями и крыльцом составляет 48 метров. Архитектура и декор коллегиума — яркий образец украинского барокко.
Некогда здание Коллегиума входило в состав Борисоглебского монастыря. Здесь находились келии, построенные на валу Детинца ещё при польском правлении. История постройки берёт своё начало в последней четверти ХVII столетия и связана с именем владыки Лазаря Барановича, который вернул епископскую кафедру в Чернигов и приложил немало сил для благоустройства её территории и зданий. Среди объектов, возведённых владыкой Лазарем, была двухэтажная трапезная, над которой возвышались две башни церкви во имя Всех Святых. В 1700-1702 годах черниговский архиепископ Иоанн Максимович Васильковский при поддержке и финансировании гетмана Ивана Мазепы надстроил над западным крылом двухъярусную башню-колокольню, в которой вскоре была открыта ещё одна церковь в честь Иоанна Богослова. О меценатстве гетмана свидетельствует закладная доска колокольни с гербом Ивана Мазепы и записью о пожертвованиях, которая сейчас здесь же и экспонируется. Колокольня имела церковь, в честь патронального святого гетмана — Иоанна Предтечи.
Известный исследователь черниговских древностей в ХVIII веке А. Шафонский сообщал, что когда копали фундамент под колокольню, был найден серебрянный идол. Из него были изготовлены серебрянные врата для Борисоглебского кафедрального собора. На вратах был отчеканен герб Ивана Мазепы. Во время ремонта в 1861 году позолотили купол колокольни. В 1891 году одновременно с пристройкой крыльца в неорусском архитектурном стиле к западному фасаду были окончательно уничтожены остатки декоративных деталей на западном фасаде. Стилистически близким к русскому зодчеству является слишком богатое декоративное оформление здания, особенно южного фасада: разные по форме наличники, полуколонны, ряды поребрика, майоликовые вставки. Ниши создают узорчатый пышный ковёр. Верхнюю часть колокольни украшают керамические иконы «Богоматерь Знамение» и «Спас Нерукотворный». Высота колокольни — 40 метров. Кладка выполнена из желобчатого кирпича, кладка фундамента и цоколя — из огромных валунов.
Во время Великой Отечественной войны Черниговский коллегиум сгорел. В 1952-1954 годах здание было отреставрировано в первоначальном виде, за исключением восточной части. С 1967 года Коллегиум стал музеем архитектурно-исторического заповедника. В 1970-1980 годах проводилась очередная реставрация здания. Ныне в Черниговском коллегиуме размещается администрация заповедника «Чернигов древний». Здесь действует выставка посвящённая Черниговскому коллегиуму, и в частности, выставка народных икон, а так же выставка «Чернигов и черниговцы 100 лет назад».
