5 июля 2002 года по благословлению архиепископа Красноярского Антония Черемисова в село Кочергино прибыли первые три насельницы из Благовещенского монастыря города Красноярска для восстановления Вознесенского храма и создания женской обители при этом храме. Сестры разместились в здании бывшего детского сада. 20 июля того же года была отслужена первая праздничная служба Воскресению Христову и Казанской иконе Божией Матери с акафистом. Официально монастырь был учрежден в 2003 году. С 2005 года появилась традиция ежегодного совершения крестного хождения на праздник Вознесения от Минусинского Спасского собора до Вознесенского храма Кочергина. 1 июня 2006 года архиепископ Антоний возглавил торжественную праздничную Божественную литургию с чином освящения Вознесенского храма.
Вознесенский приход в селе Кочергино Енисейской губернии был открыт в 1857 году. В состав прихода вошло население нескольких близлежащих деревень: Шошино, Мурино, Таскино, Жерлык и Белый Яр, по сведениям 1901 года в приходе числилось 4813 прихожан. В этом же году в селе была заложена деревянная на каменном цоколе однопрестольная церковь в честь Вознесения Господня. Строительство церкви было завершено в 1862 году. 8 января 1863 года храм был освящен. В 1879 году здание церкви ремонтировалось, эта церковь просуществовала по крайней мере до 1908 года, времени, когда начала действовать настоящая каменная.
В 1886 году при храме было открыта церковно-приходская школа, преобразованная в 1900 году в двухклассную. По сведениям 1907 года, в ней обучалось 30 мальчиков и 23 девочки, учителем был диакон Щербаков, учительницей З. Узоровых. В начале 1910-х годов учителями состояли П.Я. Фролова и В.К. Гузь. По штату 1889 года в причте было положено состоять священнику, диакону и псаломщику.
В 1896 году прихожане обратились в Енисейское духовное правление с просьбой решить им строительство нового каменного храма взамен сильно обветшавшего деревянного. В 1900 году храм был заложен. Постройка осуществлялась силами жителей села Кочергино и близлежащих деревень. В 1901 году строительство было прервано, хотя здание возвели до карнизов. Достройка церкви продолжалась в 1905-1906 годах: церковь побелили внутри и снаружи, в окна вставили решетки и рамы со стеклами, крыши наполовину покрыли железом. Лишь в 1908 году после того, как здание окончательно оборудовали внутри и в храме разместили иконостас, церковь освятили присланным антиминсом, и она стала действующей. К весне 1913 года вокруг церкви была построена железная ограда на каменном основании.
В 1930-е годы храм закрыли, скинули купола с крестами и устроили в нём зернохранилище. Последнего настоятеля — священника Всеволода Баркова арестовали и сослали на 10 лет в Колымские лагеря.
В 2002 году началось восстановление Вознесенского храма как главного храма Вознесенской женской обители, к 2010 году реставрационные работы были завершены.
