В 1894 году Самару посетил протоиерей Иоанн Кронштадтский. После его отъезда в память об этом событии владыка Гурий предложил жителям собрать средства на сооружение храма в Засамарской слободе. Церковь решили сооружать деревянную, на сваях, чтобы ее не затопляло. 13 октября 1896 года состоялось торжественное освещение будущей постройки. Закладка храма состоялась 2 июня 1897 года.
Строительство велось довольно активно, и уже через год церковь поднялась в небо. А вот открытие самостоятельного прихода в Засамарской слободе и освящение храма задержалось почти на целый год. Эта церемония состоялась 1 октября 1899 года на праздник Покрова Пресвятой Богородицы. Один из свидетелей этого события отмечал, что храмоздатели радовались, засамарцы ликовали. На колокольне новопосвященного храма раздавался звон до позднего вечера.
Иоанну Кронштадтскому была отправлена телеграмма, в которой сообщалось: «Освятивши храм в слободе Засамарской, сооруженный в память посещения Вами Самары, молитвенно и с высоким уважением воспоминаем Вас. Досточтимый о. Протоиерей. Епископ Гурий и Строители храма».
Церковь простояла до 13 октября 1932 года, когда на заседании президиума Самарского горсовета было принято решение о закрытии церкви за рекой Самаркой.
И только спустя 70 лет о храме вспомнили. 27 сентября 2001 года по благословению Высоко-преосвященнейшего Сергия, архиепископа Самарского и Сызранского, в праздник Воздвижения Животворящего Креста Господнего, иерей Виктор Проничкин, настоятель Ильинской церкви г. Самары, освятил поклонный крест, установленный на месте разрушенной Крестовоздвиженской церкви. Там он поныне и стоит.
