Село Ильинское – древнее.
Одно из самых ранних упоминаний села Ильинское, встречается в меновой грамоте Череповецкого Воскресенского монастыря. Из данного документа известно, что в 1495 году архимандрит менялся землями с Михаилом с Губою с Микулиным сыном Стогинина. Монастырь выменял землю Милятинскую, которая «пришла к митрополичьей же земле Ильинской» да три пожни на реке Шексне в Любецком наволоке, на монастырскую деревню Ирдоматку, которая стояла между деревнями Михаила Стогинина, Ноленевской и Куриловской. Согласно этим сведениям, село Ильинское являлось вотчиной Московского митрополита.
В селе Ильинском с глубокой древности существовал православный приход, первое упоминание о котором относится к 1518 году. Это упоминание связано с явлением на череповецкой земле одной из наиболее почитаемых ее святынь – Воронинской иконы Божией Матери.
Чудотворный образ был явлен пономарю храма Архангела Михаила села Ильинское Иоанну и принесён им из Конечновского леса в храм Архангела Михаила. Дважды приносили икону в храм в Ильинское и дважды она оттуда исчезала, пока не была оставлена на месте явления.
Михаило-Архангельская церковь была закрыта в 1930-х годах. Разрушены завершения храма, колокольня и трапезная. В 2016 году здание обрушилось.
Сохранились документальные свидетельства о существовании в селе Ильинское деревянного храма Владимирской иконы Божией Матери.
Согласно переписной книге Белозерского уезда 1710 года: «В селе Ильинском. На погосте церковь Пресвятыя Богородицы Владимерския в прделе Святаго Пророка Илии церковь архистратига Михаила в пределе Николая Чюдотворца здание древяное церковной земли по писцовым 134 и 135 [1626–1627] годов книгам написано четвертной пашни 5 четвертей в поле а в дву потому же сена 10 копен. Во дворе священник Аверкий Иванов…».
Вероятно, деревянная Владимирская церковь была построена в конце XVII или в начале XVIII века, вместо ветхого, а возможно и вовсе утраченного Ильинского храма. О том, что с древности в селе был Ильинский храм свидетельствует и наименование самого села и сохранившиеся документы. Так, в переписной книге церквей и причта Белозерского уезда конца XVII века, в селе Ильинском описываются два храма: «Церков архангела Христова Михаила, другая святого пророка Илии да в приделе Николая Чюдотворца в Череповской волости, в патриарше вотчине, в селе Ильинском. Служит поп Василей Григорив да дьякон, сын иво Григорей Василиев. Да у нево ж попа Василя 2 сына, Пров да Семен, грамоте оба учены. В приходе, по иво скаске, 45 д[воров]».
Каменная двухпрестольная церковь была построена в 1809 году в формах барокко на месте бывшего здесь прежде деревянного храма того же посвящения.
Основной объём: восьмерик на четверике.
Церковь имела два престола: главный — в честь иконы Божией Матери «Владимирская» и престол в честь пророка Илии.
В страховой оценки храма за 1912 года сообщается:
«Владимирская церковь — каменная, оштукатурена снаружи и внутри, покрыта железом, окрашенным зеленой масляной краской. Длина церкви 12,33 сажени, наибольшая ширина 4,67 сажени, Высота до верха карниза 4,67 саженей, на церкви имеется 5 больших глав, окон больших 25 и малых 10, дверей наружных две, из которых одни одностворчатые, а другие двустворчатые, внутренних дверей две, двустворчатые. Два иконостаса: в главном алтаре Владимирской иконы Божией Матери длиной 9 аршин, высотой 12 аршин. В приделе Пророка Илии длиной 12,5 аршин, высотой 5 аршин. Построена в 1809 году».
В советское время церковь была закрыта, заброшена. Одно время в здании располагалась школа.
В 30-е годы XX века здание церкви пытались взорвать.
В настоящее время церковь частично разрушена, находится в аварийном состоянии. На стенах ещё можно разглядеть роспись.
С июля 2024 года над восстановлением храма в селе Ильинском трудится добровольческий отряд «Возрождение». Волонтеры отряда вместе с местными жителями проводят работы по подготовке старинного храма Владимирской иконы Божией Матери к консервации. Добровольцы потрудились над расчисткой стен храма до фундамента и очисткой алтарной части от битого кирпича и мусора, провели работы по уборке прихрамовой территории от старых срубленных деревьев.
