Входо-Иерусалимская церковь в городе Йошкар-Ола была построена в 1754 году на средства купца Алексея Матвеевича Карелина. Храм был трехпрестольным, главный из них освятили в честь Входа Господня в Иерусалим, правый придел — во имя Усекновения главы пророка Иоанна Предтечи, левый — в честь святых первоверховных апостолов Петра и Павла. Церковь славилась своими святынями, особо почиталась верующими икона явления Божией Матери преподобному Сергию Радонежскому, которая уцелела в годы гонений за веру и хранится сейчас в Богородице-Сергиевой пустыни, находящейся в Килемарском районе РМЭ.
С 1886 года при Входо-Иерусалимском храме действовала богадельня, построенная на средства благотворителей. В 1888 году она была преобразована в Богородице-Сергиев женский черемисский монастырь, а Входо-Иерусалимский храм на 33 года стал монастырским. При нем действовала двухклассная школа, здание которой сохранилось до настоящего времени. Духовенство Входо-Иерусалимского храма также преподавало Закон Божий в церковно-приходской школе деревни Большая Ноля и земских училищах деревень Большое Чигашево, Ноля-Вершинино и Ельняги.
В годы гонений за веру приход Входо-Иерусалимской церкви испытал их в полной мере. 11 сентября 1918 года по ложному обвинению в контрреволюционной деятельности был расстрелян священник данного храма Антоний Николаев. В 1921 году Богородице-Сергиев монастырь был закрыт, а церковь вновь стала приходской. В начале 1920-х годов духовенство Входо-Иерусалимского храма, по-видимому, уклонялось в обновленчество, но вскоре принесло покаяние и затем твердо исповедало Православие. Строгой духовной жизни прихожан церкви во многом способствовало то, что в 1926-1928 годах здесь служил бывший настоятель мужского Мироносицкого монастыря игумен Сергий Мытиков.
8 января 1930 года Облисполком принял постановление о закрытии Входо-Иерусалимского храма и передаче имущества властям. Церковь была разрушена, кирпич пошел на гражданское строительство.
В 2012 году было принято решение восстановить утраченный храм. Возводится он в пределах фундамента одноименной церкви, построенной еще в середине XVIII века на территории Богородице-Сергиевского монастыря При строительстве вновь возводимого храма архитекторы постарались максимально точно воспроизвести черты разрушенной церкви. На данный момент уже практически возведены стены, и можно представить, каким будет храм Вхождения Господня в Иерусалим. 9 апреля 2016 год архиепископ Йошкар-Олинский и Марийский Иоанн в присутствии Главы Республики Марий Эл Леонида Маркелова и членов Правительства провел молебен с чином освящения новых колоколов Входоиерусалимской церкви. На Урале в Каменск-Уральске были отлиты, а затем привезены в Йошкар-Олу 11 колоколов. Самый крупный из клоколов благовест весит более 3 тонн.
