Храм был заложен 11 сентября 1793 года. Строительство его закончилось в 1795 году. Это была небольшая каменная церковь во имя Входа Господня в Иерусалим. Церковь на Входо-Иерусалимском кладбище была построена на средства купца М. Сибирякова. К середине XIX века церковь значительно обветшала и частично была разрушена землетрясением.
В 1835 году на месте этого храма был построен новый. Церковь установили на самой высокой точке города. С её колокольни были видны все иркутские храмы и монастыри. Проект новой церкви был составлен томским губернским архитектором А.П. Деевым. Строительство длилось с 1820 года по 1835 год. Велось оно медленно, это было связано с повреждением конструкций: в 1823 году обрушился свод в уже почти отстроенной церкви. Наконец только в 1830 году заканчиваются основные строительные работы, без внутренней отделки. Иконостас для новой церкви выполнялся по рисунку, составленному иркутским архитектором А. Васильевым. Авторский надзор за выполнением внутренних работ велся очень тщательно. В 1835 году Иркутская губернская строительная комиссия произвела освидетельствование построенного храма. Освящение готовой церкви состоялось 25 июля 1835 года. Первоначально она имела один придел, в 1890 году с южной и северной сторон пристраиваются еще два придела.
В советское время купола храма были снесены. Здание было перестроено и разделено на этажи. Сейчас храм восстанавливается приходской общиной и постепенно приобретает свой прежний вид. Построена девятиметровая колокольня. Служители церкви уверены: восстановить храм — долг перед памятью похороненных на Иерусалимском кладбище.
В настоящее время церковь представляет собой одноэтажную постройку, перекрытую общей для всех объемов кровлей. Утрата венчающих частей храма и колокольни изменили её облик до неузнаваемости. Первоначальная объемно-пространственная композиция была очень выразительна благодаря контрастному сочетанию массивного храма, увенчанного восьми лотковым куполом, и стройной ярусной колокольни. Построение церкви и ее отдельных частей было необычно для культовой архитектуры Иркутска и явилось отголоском общерусского развития классицизма. Фасадный декор постройки строг и лаконичен. Оконные проемы, лишенные наличников и украшенные только сандриками, простой антаблемент, колонные портики с трех сторон — все это характерно для зрелого классицизма.
