В начале XVIII века увеличилось число деревень, приписанных к приходу, это и послужило поводом к реконструкции церкви. В ходе реконструкции демонтировали крышу над молельней и надстроили восьмигранный сруб. Завершили сруб высокой шатровой крышей, увенчанной луковичной головкой с крестом. По периметру восьмерика устроили фронтонный пояс. В конце XVIII века рядом с церковью построили колокольню. Высота ее составила 35 метров и превзошла саму церковь, изменив облик всего комплекса. В XIX веке церковь опять реконструировали. Соединили церковь и колокольню крытым переходом, расширели окна, с наружи и с изнутри стены обшили тесом и окрасили. Варваринская церковь принадлежит к храмам типа «восьмерик на четверике». Подобных построек много вокруг Онежского озера – это церкви, расположенные в Гимреках, Кондопоге, Космозере, Челмужах, на Саминском погосте. Варваринская церковь одна из ранних построек такого типа – она освящена в 1650 году. В 1865 году ее ремонтировали: перебрали сруб, растесали окна в трапезной, заново прорезали окна в помещении собственно церкви и алтаре. В 80-х годах ХХ века ее реставрировали: трапезной придали вид семнадцатого века, оставили одно косящатое и сделали заново два волоковых окна, поменяли тес кровель, заменили шелом, прикрывающий стыки теса кровли трапезной и притвора. Cтрогий шелом на крыше — не небрежность реставраторов. Если в Архангельской области или на Вологодчине ему придавали очертания головы коня или птицы, то в Карелии чаще всего просто гладко отесывали. Так же не украшали, а лишь гладко отесывали концы «куриц», поддерживающих «потоки» — деревянные желоба для отвода воды, стекающей с кровли. Из конструктивных элементов кровли в Карелии было принято украшать резьбой лишь концы «потоков». Резьбу выполняли топором, долотом, реже коловоротом в зависимости от стиля самой резьбы: объемной, рассчитанной на восприятие с дальнего расстояния, или плоскостной, видимой при ближайшем рассмотрении. Крупной топорной резьбой украшены «потоки», расположенные на переломе кровель рундуков двухвсходного крыльца Варваринской церкви.
Крыльцо в церкви всегда украшалось особенно тщательно. Во-первых, оно было всегда на виду, первым встречало прихожан, идущих в церковь, с него оглашались все решения «сходбищ», проходивших в трапезной. Во-вторых, сама открытая для глаза конструкция крыльца давала возможность украсить все ее элементы, чего не могли упустить народные мастера. Объемной резьбой украшались столбы, поддерживающие кровли всходных рундуков, глухой резьбой украшались причелины, прорезной резьбой подзоры, пущенные под кровлей между столбами. Концы теса кровли украшались «гребнями резными», дающими, кроме всего прочего, очень красивую тень в солнечные дни; про украшение «потоков» мы уже говорили.
Нельзя не обратить внимание на колокольню Варваринской церкви, построенную в восемнадцатом веке. Небольшой, в несколько венцов, четверик в основании стройного восьмигранного сруба, открытая площадка звона, крытая высоким шатром, непосредственно под которым подвешивались колокола. С перехода, соединяющего церковь и колокольню, можно подняться по внутренней лестнице на площадку звона, обозреть заонежские дали, а заодно и изучить конструкцию колокольни, которая так же имеет свою историю. Первоначально колокольни представляли собой простые навесы на столбах, врытых в землю. Столбов могло быть четыре, пять или даже девять штук. Чем больше столбов, тем больше устойчивость колокольни при их подгнивании. Затем столбы стали обносить срубами , хотя они еще оставались врытыми в землю. Для того чтобы столбы меньше подгнивали, их стали устанавливать не на земле, а на срубе, или в самом срубе. Для этого внутри сруба на одной трети его высоты под столбы подводились балки-«переводы», концы которых врубались в сруб. Столбы опирались на балки, были зажаты срубом, не гнили. Если подгнивал сруб, то в нем всегда можно было заменить нижний венец, что значительно упрощало ремонт. Точно такую конструкции можно наглядно увидеть внутри Яндомозерской колокольни. Четверик в основании появляется в середине семнадцатого века и состоит сначала всего из нескольких венцов, затем количество венцов увеличивается, доходя по высоте до половины сруба всей колокольни. Церковь стоит на холме. Она вытянута с востока на запад и разделена длинной и сравнительно низкой трапезной и переходом. При таком соотношении восьмигранный сруб колокольни с высоким шатром, поставленный на низкий цоколь, приобретает доминирующее значение. Образец плотничьего мастерства являют небольшие окна трапезной, резные украшения крылец. Лишь крытые железом главки шатров выпадают из общего ансамбля.
Расположена в центре деревни, является архитектурной доминантой поселения. Памятник включает в себя церковь и колокольню, соединенные открытым крыльцом-галереей. Церковь состоит из основного молельного помещения, алтаря, трапезной и сеней. Сруб молельного помещения и сруб колокольни рублены по типу «восьмерик на четверике», с повалами в верхней части, и имеют шатровые завершения, увенчанные лемеховыми главками с крестами. С востока к основному объему церкви примыкает меньший по объему сруб алтаря с крышей в форме бочки, с запада – более широкая трапезная и сени, покрытые общей двускатной крышей. Колокольня поставлена западнее церкви и несколько смещена к югу от ее продольной оси. Соединяющее их крыльцо-галерея имеет два крытых лестничных марша, нижние площадки которых покрыты двускатными крышами, поддерживаемыми резными столбами. Кровли храма тесовые, над трапезной — безгвоздевой конструкции. Алтарная бочка покрыта гонтом. Потолок молельного помещения выполнен в форме шестнадцатичастного «неба». Сохранились волоковые и трехкосящатые окна. Декор представлен подзорами и резными столбами звонницы и крыльца, пикообразной порезкой концов теса на полицах, крыльце-галерее и сенях. Представляет историко-архитектурную ценность как пример становления и развития шатровых храмов на Русском Севере.
