В 1887 году в восточной части северного корпуса монастыря был устроен храм в честь великомученицы Варвары, а часть корпуса была занята монастырской больницей.
В 1928 году Елабужским горсоветом было принято решение о закрытии монастыря. Храм Казанский и колокольня разобраны на кирпичи, остальные помещения перепланированы под жилые.
Епархии часть помещений была возвращена в 1993 году. 8 февраля 1995 года Архиепископ Казанский и Татарстанский Анастасий освятил восстановленный храм в честь Великомученицы Варвары.
