19 февраля 2005 года по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II на Валааме была освящена Великим чином церковь во имя Валаамской иконы Божией Матери. Накануне в нижнем храме Спасо-Преображенского собора, где находится чтимый список с чудотворной Валаамской иконы, состоялось Всенощное бдение. 19 февраля на чин освящения церкви прибыли благотворители обители, в том числе Президент ОАО «Вексельный Дом Топливно-Энергетического комплекса» Сергей Юрьевич Рудов, чьим усердием и содействием с Божией помощью был восстановлен и благоукрашен этот храм, учредитель Некоммерческого Фонда «Связь поколений» Александр Иванович Котелкин и другие. После Божественной литургии, перед которой был совершен чин освящения, игумен монастыря архимандрит Панкратий поблагодарил Сергея Юрьевича Рудова за его помощь в восстановлении храма.
Настенные росписи в церкви были осуществлены в 2004 году художниками иконописной школы Московской духовной семинарии по образцам росписей Дионисия. На северной стена храма — композиция «О Тебе радуется», на парусах храма изображения наиболее почитаемых икон Божией Матери, в одной из настенных росписей среди святых изображен преподобный Назарий Кондратьев.
Игумен Назарий – строитель первых каменных построек валаамской обители, в том числе церкви освященной 4 августа 1793 года во имя святителя Николая. В 1853 году Никольская церковь, расположенная в южной части внутреннего каре была упразднена в связи с постройкой и освящением на Крестовом острове храма во имя святителя Николая Чудотворца. Впоследствии в упраздненной церкви устроили ризницу для ветхой церковной утвари и икон. Здесь в 1897 году среди икон была чудесно обретена Валаамская икона Божией Матери, от которой получила исцеление одна благочестивая женщина, страдавшая сильной болезнью ног. Своим явлением Божия Матерь Сама засвидетельствовала Свой особый Покров Валааму, и Свое особое присутствие на Валааме. «Там живу. Меня увидишь на Валааме», — эти слова, сказанные в видении больной женщине, являются откровением Божией Матери о Валааме.
В 1911 году в помещении упраздненной церкви было открыто епархиальное древлехранилище. В 1970-х годах помещение церкви было приспособлено под магазин и склад для товаров. С 1990 года по 2000 год в помещении бывшей церкви находилась монастырская ризница. В 1997 году указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II было установлено празднование иконы Божией Матери «Валаамская». Восстановление церкви по благословению Его Святейшества началось в 2001 году. В 2002 году 10 июля, во время своего посещения обители, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил чин малого освящения храма. В настоящее время работы по благоукрашению и росписи храма полностью завершены: установлен резной позолоченный иконостас, киоты с образами, резные стасидии. По желанию благотворителя, с явленной чудотворной иконы Божией Матери Валаамская, которая в настоящее время находится в Финляндии в монастыре именуемый Новый-Валаам, был написан точный список, который помещен в первой в России церкви, посвященной этому образу Божией Матери.
